1. Kerugian Total (Total Loss) dengan Beberapa PenyesuaianJumlah kerugian total (total loss) dihitung dari seluruh jumlah uang yang dibayarkan/dikeluarkan oleh negara karena negara tidak mendapatkan imbalan/prestasi senilai jumlah pengeluaran tersebut. Metode total loss (kerugian total) dipergunakan untuk menghitung kerugian keuangan negara pada kasus kegiatan fiktif dan barang/jasa yang sama sekali tidak dapat digunakan. Beberapa kondisi ketika metode total loss dapat diterapkan:a. Pengadaan barang/jasa fiktif b. Kegiatan fiktif c. Honor fiktif/tidak dibayarkan d. Barang/jasa yang diterima tidak sesuai spesifikasi kontrak sehingga tidak dapat digunakan atau dimanfaatkanKerugian total ini juga bisa dilakukan dengan penyesesuaian ke atas atau penyesuaian ke bawah. Metode perhitungan kerugian negara dengan penyesuaian ke atas digunakan apabila untuk penyelesaian kasus kerugian keuangan negara yang terjadi masih diperlukan biaya, antara lain biaya pemberesan, sehingga jumlah kerugian keuangan negara dihitung dengan menambahkan kerugian keuangan negara yang terjadi dengan biaya pemberesan tersebut.Sedangkan metode kerugian negara dengan penyesuaian ke bawah digunakan apabila barang yang dibeli tersebut, walaupun tidak dapat dimanfaatkan namun masih bernilai, sehingga nilai barang tersebut dipakai sebagai pengurang dari total kerugian yang terjadi. Atau dengan kata lain kerugian keuangan negara dihitung dengan cara mengurangkan kerugian keuangan negara yang terjadi dengan nilai barang yang tidak dapat dimanfaatkan tersebut.2. Selisih Antara Harga Kontrak dengan Harga Pokok Pembelian atau Harga Pokok ProduksiMetode ini biasanya digunakan dalam pengadaan barang yang spesifik dan tidak ada barang yang sejenis di pasaran. Untuk menghitung nilai barang tersebut, kita harus mengetahui unsur biaya yang turut membentuk harga tersebut. Unsur HPP meliputi:a. Biaya bahan bakub. Biaya tenaga kerja langsungc. Biaya overheadSelanjutnya unsur-unsur biaya dalam HPP tersebut dibandingkan dengan harga kontrak. Apabila harga kontrak lebih tinggi maka hal tersebut merupakan kerugian negara.3. Selisih antara Harga Kontrak dengan Harga atau Nilai Pembanding TertentuMetode penghitungan kerugian keuangan negara dengan menghitung selisih antara harga kontrak dengan harga atau nilai pembanding tertentu digunakan apabila terdapat indikasi mark up terhadap pengadaan barang atau jasa. Tujuan dari mark up adalah agar rekanan memperoleh keuntungan yang lebih besar. Kasus mark up sangat umum terjadi dalam proses pengadaan barang/jasa.Salah satu cara untuk menghitung kerugian negara yang berasl dari kasus mark up adalah dengan membandingkan harga dalam kontrak dengan harga pasar yang wajar. Harga pasar yang wajar dapat diperoleh dengan membandingkan dua objek yang bukan hanya jenisnya harus sama tetapi unsur-unsur yang membentuk objek tersebut juga harus sama. Unsur-unsur yang harus diperhatikan pada saat melakukan perbandingan harga adalah sebagai berikut:a. Spesifikasi suatu barangb. Biaya pengangkutanc. Asuransid. Pajake. Biaya pemasanganf. Biaya pengujian barangg. Keuntungan rekananKetika sulit untuk mencari harga barang tersebut di pasaran, maka bisa digunakan harga yang dikeluarkan oleh instansi pemerintah seperti Badan Pusat Statistik, Dinas Pekerjaan Umum dan sumber lain yang kompeten. Kriteria yang umum digunakan dalam kasus mark-up adalah Pasal 66 ayat (8) Perpres Pengadaan Barang/Jasa Nomor 70 Tahun 2012. Penyusunan Harga Perkiraan Sendiri (HPS) dikalkulasikan secara keahlian berdasarkan data yang dapat dipertanggungjawabkan meliputi: a. Harga pasar setempat yaitu harga barang / jasa dilokasi barang / jasa diproduksi / diserahkan / dilaksanakan, menjelang dilaksanakannya Pengadaan Barang/Jasab. informasi biaya satuan yang dipublikasikan secara resmi oleh Badan Pusat Statistik (BPS)c. informasi biaya satuan yang dipublikasikan secara resmi oleh asosiasi terkait dan sumber data lain yang dapat dipertanggungjawabkand. daftar biaya / tarif barang / jasa yang dikeluarkan oleh pabrikan/distributor tunggale. biaya kontrak sebelumnya atau yang sedang berjalan dengan mempertimbangkan faktor perubahan biaya;f. inflasi tahun sebelumnya, suku bunga berjalan dan / atau kurs tengah Bank Indonesiag. hasil perbandingan dengan kontrak sejenis, baik yang dilakukan dengan instansi lain maupun pihak lainh. perkiraan perhitungan biaya yang dilakukan oleh konsultan perencana (engineer's estimate)i. norma indeksj. informasi lain yang dapat dipertanggungjawabkan.