Jurnal Biologi Indonesia diterbitkan oleh Perhimpunan Biologi Indonesia. Jurnal ini memuat hasil penelitian ataupun kajian yang berkaitan dengan masalah biologi yang diterbitkan secara berkala dua kali setahun (Juni dan Desember).

Editor Ketua

Prof. Dr. Ibnu Maryanto Anggota

Prof. Dr. I Made Sudiana Dr. Deby Arifiani

Dr. Izu Andry Fijridiyanto

Dewan Editor Ilmiah

Dr. Abinawanto, F MIPA UI

Dr. Achmad Farajalah, FMIPA IPB

Prof. Dr. Ambariyanto, F. Perikanan dan Kelautan UNDIP

Dr. Didik Widiyatmoko, Pusat Konservasi Tumbuhan Kebun Raya-LIPI

Dr. Dwi Nugroho Wibowo, F. Biologi UNSOED

Dr. Gatot Ciptadi F. Peternakan Universitas Brawijaya

Dr. Parikesit, F. MIPA UNPAD

Dr. Faisal Anwari Khan, Universiti Malaysia Sarawak Malaysia

Assoc. Prof. Monica Suleiman, Universiti Malaysia Sabah, Malaysia

Dr. Srihadi Agungpriyono, PAVet(K), F. Kedokteran Hewan IPB

Y. Surjadi MSc, Pusat Penelitian ICABIOGRAD

Drs. Suharjono, Pusat Penelitian Biologi-LIPI

Dr. Tri Widianto, Pusat Penelitian Limnologi-LIPI

Dr. Witjaksono Pusat Penelitian Biologi-LIPI

Sekretariat Eko Sulistyadi M.Si, Dewi Citra Murniati M.Si, Hetty Irawati PU, S.Kom

Alamat d/a Pusat Penelitian Biologi - LIPI

Jl. Ir. H. Juanda No. 18, Bogor 16002 , Telp. (021) 8765056 Fax. (021) 8765068

Email : jbi@bogor.net; ibnu_mar@yahoo.com; eko_bio33@yahoo.co.id; hetttyipu@yahoo.com Website : http://biologi.or.id

Jurnal Biologi Indonesia : Akreditasi: No. 657/AU3/P2MI-LIPI/07/2015.

JURNAL BIOLOGI INDONESIA

Diterbitkan Oleh:

Perhimpunan Biologi Indonesia

Bekerja sama dengan

PUSLIT BIOLOGI-LIPI

OBITUARI

Redaksi Jurnal Biologi Indonesia telah kehilangan seorang editor penelaah Dr. Ir Sri Sulandari, M.Sc.

yang telah berpulang kerahmat Allah SWT pada tanggal 18 Agustus 2015 Jam 16.10 di RSCM,

Jakarta. Jabatan terakhir almarhumah sebagai Peneliti Madya/IVc di Pusat Penelitian Biologi-LIPI

sebagai ahli DNA Molekuler yang menekuni kajian DNA pada ayam lokal Indonesia dan berbagai

hidupan liar khususnya pada burung. Tiga tahun terakhir sangat aktif berusaha menyelamatkan

populasi kambing Gembrong di Kabupaten Karanganyar, Bali. Almarhumah meninggalkan seorang

suami Prof. Dr. Muladno, MSA yang bekerja sebagai guru besar di Fakultas Peternakan, Institut

Pertanian bogor dan saat ini juga sebagai Direktur Jendral Peternakan dan Kesehatan Hewan,

Kementerian Pertanian, serta dua anak laki-laki Aussie Andry Vermarchnanto M. dan Endyea

Mendelian.

Jurnal Biologi Indonesia yang diterbitkan oleh PERHIMPUNAN BIOLOGI INDONESIA bekerjasama

dengan PUSLIT BIOLOGI-LIPI. Edisi volume 11 No. 2 tahun 2015 memuat 15 artikel lengkap dan

satu artikel tulisan pendek. Penulis pada edisi ini sangat beragam yaitu dari Balai Besar Penelitian

Veteriner-Deptan, Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik

Pertanian, Bogor, Balai Penelitian Tanaman Sayuran Lembang, Bandung, Departemen Konservasi

Sumberdaya Hutan dan Ekowisata, Fakultas Kehutanan-IPB, Dept. Biokimia FMIPA-IPB, Institut

Sains dan Teknologi Nasional Jakarta, Pusat Penelitian dan Pengembangan Sumberdaya Pesisir &

Laut, Balitbang Kelautan & Perikanan, Kementerian Kelautan & Perikanan, Departemen Manajemen

Sumberdaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, IPB. Program Studi Manajemen

Sumberdaya Perairan, Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan-Universitas Maritim Raja Ali Haji-

Tual, Pusat Konservasi Tumbuhan Kebun Raya–LIPI, Puslit Biologi-LIPI, Puslit Bioteknologi-LIPI.

Jurnal Biologi Indonesia mengucapkan terima kasih dan penghargaan kepada para pakar yang telah

turut sebagai penelaah dalam Volume 11 No 2, Desember 2015:

Dr. Niken Tunjung Murti Pratiwi, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan IPB

Dr. Agus Prijono Kartono, Fakultas Kehutanan IPB

Ir. Drs. Eko Harsono MSi, Puslit Limnologi-LIPI

Dra. Donowati Tjokrokusumo M.Phil, Pusat Teknologi Bioindustri, BPPT

Ir. M. Syamsul Arifin Zein MSi, Puslit Biologi LIPI

Drh. Anang S. Achmadi MSc, Puslit Biologi LIPI

Dr. Yuyu S. Poerba, Puslit Biologi LIPI

Ir. Dwi Agustiyani MSc, Puslit Biologi LIPI

Dr. Apon Zaenal Mustopa, Puslit Bioteknologi LIPI

Dr. Yopi Puslit Bioteknologi LIPI

Dr. Joeni S. Rahajoe, Puslit Biologi LIPI

Dr. Wartka Rosa Farida, Puslit Biologi LIPI

BIOLOGI

Halaman

Efikasi Vaksin Inaktif Bivalen Avian Influenza Virus Subtipe H5N1 (Clade 2.1.3. dan Clade

2.3.2) di Indonesia

169

NLP. Indi Dharmayanti & Risa Indriani

Klon-klon Kentang Transgenik Hasil Persilangan Terseleksi Tahan terhadap Penyakit

Hawar Daun Phytophthora infestans Tanpa Penyemprotan Fungisida di Empat Lapangan

Uji Terbatas

177

Alberta Dinar Ambarwati, Kusmana, & Edy Listanto

Penambahan Inokulan Mikroba Selulolitik pada Pengomposan Jerami Padi untuk Media 187

Tanam Jamur Tiram Putih (Pleurotus ostreatus)

Iwan Saskiawan

Identifikasi Molekular dan Karakterisasi Morfo-Fisiologi Actinomycetes Penghasil Senyawa

Antimikroba

195

Arif Nurkanto & Andria Agusta

Populasi dan Kesesuaian Habitat Langkap (Arenga obtusifolia Mart.) 205

di Cagar Alam Leuweung Sancang, Jawa Barat

Didi Usmadi, Agus Hikmat, Joko Ridho Witono, & Lilik Budi Prasetyo

Optimasi Produksi Enzim Amilase dari Bakteri Laut Jakarta (Arthrobacter arilaitensis )   215

Awan Purnawan, Y. Capriyanti, PA. Kurniatin, N. Rahmani, & Yopi

Pengaruh Antioksidan Eksopolisakarida dari Tiga Galur Bakteri Asam Laktat pada Sel

Darah Domba Terinduksi tert-Butil Hidroperoksida (t-BHP)

225

Fifi Afiati, Nina Ainul Widad, & Kusmiati

Ekosistem Lamun sebagai Bioindikator Lingkungan di P. Lembeh, Bitung, Sulawesi Utara 233

Agustin Rustam, Terry L. Kepel, Mariska A. Kusumaningtyas, Restu Nur Afi

Ati, August Daulat, Devi D. Suryono, Nasir Sudirman, Yusmiana P. Rahayu,

Peter Mangindaan, Aida Heriati, & Andreas A. Hutahaean

Identification of Bioactive Compound from Microalga BTM 11 as Hepatitis C Virus RNA 243

Helicase Inhibitor

Apon Zaenal Mustopa, Rifqiyah Nur Umami, Prabawati Hyunita Putri, Dwi

susilaningsih, & Hilda Farida

Kemampuan Cerna Protein dan Energi Metabolisme Perkici Pelangi (Trichoglossus

haematodus )

253

Rini Rachmatika & Andri Permata Sari

Optimasi Enzim α-Amilase dari Bacillus amyloliquefaciens O1 yang Diinduksi Substrat

Dedak Padi dan Karboksimetilselulosa

259

Yati Sudaryati Soeka, Maman Rahmansyah, & Sulistiani

Kajian Aspek Ekologis dan Daya Dukung Perairan Situ Cilala 267

Niken T.M. Pratiwi, Sigid Hariyadi, Inna Puspa Ayu, Aliati Iswantari,

Novita MZ, & Tri Apriadi

Halaman

Penanda Genetik Tarsius (Tarsius spp.) dengan Menggunakan Gen Cytochrome Oxidase I

(COI) DNA Mitokondria (mtDNA) Melalui Metode Sekuensing

275

 Wirdateti, Sri Wijayanti Wulandari, & Paramita Cahyaningrum Kuswandi

Carboxymethyl Cellulose Hydrolyzing Yeast Isolated from South East Sulawesi, Indonesia 285

Atit Kanti

Uji Bakteri Simbiotik dan Nonsimbiotik Pelarutan Ca vs. P dan Efek Inokulasi Bakteri pada

Anakan Turi (Sesbania grandiflora L. Pers.)

295

Sri Widawati

TULISAN PENDEK 309

Mating behavior of Slow Loris (Nycticebus coucang ) at Captivity

Wartika Rosa Farida & Andri Permata Sari

Identifikasi Molekular dan Karakterisasi Morfo-Fisiologi Actinomycetes Penghasil

Senyawa Antimikroba

(Molecular Identification and Morpho-Physiological Characterization of

Actinomycetes with Antimicrobial Properties)

Arif Nurkanto & Andria Agusta Pusat Penelitian Biologi, Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) Jl. Jakarta Bogor KM 46, Cibinong,

Bogor 16911 Email : arif.nurkanto@lipi.go.id

Memasukkan: November 2014, Diterima: Maret 2015

ABSTRACT

The objectives of study were to identify antimicrobial producing Actinomycetes using 16S rDNA analyses and morphology and physiology characteristics. Eight Actinomycetes strain with the higest antibacterial and antifungal activity were selected and identified using six primers (20F, 520F, 920F, 1500R, 920R, and 520R). Morphological observation and physiology analyses were performed to the selected strain to accurately identify the strains. Morphological characters observed were aerial mycelium, spore chain, colony form, and pigment production. Physiological characterizations were antimicrobial properties, growth temperature, pH tolerance, salinity concentration for growth, sugars assimilation, and some enzymes production (arginine dihydrolase, urease, ß-glucosidase, protease, ß-galactosidase). Based on homology search by BLAST program and phylogenetic tree analyses, all of isolates were identified as the genus Streptomyces. They belong to eight different spesies. Isolates RC-SS-37-4, RC-SS-37-16 and BL-22-3 have been identified as Streptomyces costaricanus (100 %), Streptomyces costaricanus (99.8 %) and Streptomyces parvulus (98.6 %), respectively. Five isolates were identified as Streptomyces spp. (BL-36-1, BL-20-2, BL-14-2, BL-22-1 and BL-06-5) and can be presumed as new species because of the low homology value to their closest related spesies. Keywords : actinomycetes, antimicrobial, morphology, phylogenetic, physiology, 16S rRNA gene.

ABSTRAK

Tujuan dari penelitian yang dilakukan adalah untuk mengidentifikasi isolat actinomycetes dengan kemampuan antimikroba menggunakan analisis 16S rDNA dan mengkarakterisasinya secara morfologi dan fisiologi. Sebanyak delapan isolat dengan aktivitas antibakteri dan antifungi tertinggi telah diidentifikasi menggunakan 6 primer (20F, 520F, 920F, 1500R, 920R, and 520R). Karakter morfologi dan fisiologi juga diamati dalam penelitian ini. Karakter morfologi diamati berdasarkan parameter kunci berupa miselium aerial, bentuk rantai spora, koloni dan produksi pigmen. Karakter fisiologi berupa aktivitas antimikroba, suhu pertumbuhan, toleransi keasaman (pH), konsentrasi salinitas, asimilasi gula dan produksi enzim khusus (arginin dihidrolase, urease, ß-glukosidase, protease dan ß-galaktosidase). Berdasarkan persamaan homologi melalui metode BLAST dan analisis pohon filogenetik, semua isolat teridentifikasi sebagai Streptomyces. Isolat tersebut teridentifikasi menjadi tujuh jenis. Isolat RC-SS-37-4, RC-SS-37-16 dan BL-22-3 berturut-turut teridentifikasi sebagai Streptomyces costaricanus (100 %), Streptomyces costaricanus (99.8 %) dan Streptomyces parvulus (98.6 %). Lima isolat teridentikasi sebagai Streptomyces spp. (BL-36-1, BL-20-2, BL-14-2, BL-22-1 dan BL-06-5) dan merupakan kandidat jenis baru karena memiliki nilai homologi yang rendah terhadap jenis terdekatnya. Kata Kunci : actinomycetes, antimikroba, fisiologi, filogenetik, gen 16S rRNA, morfologi.

PENDAHULUAN

Actinomycetes merupakan kelompok bakteri

Gram positif dan terdistribusi luas di alam.

Actinomycetes dikenal sebagai mikroorganisme

saprofitik pada tanah dan seresah (Takisawa et al.

1993). Secara umum, actinomycetes dibedakan

menjadi dua kelompok. Kelompok tersebut adalah

Streptomyces dan rare-actinomycetes (Kurtboke

2001). Rare-actinomycetes digunakan sebagai istilah

untuk menyebut genus selain Streptomyces. Rare-

actinomycetes terdiri dari 201 genus, relatif lebih

sulit diisolasi, dan pertumbuhan yang lebih

lambat dibandingkan dengan Streptomyces

(Miyadoh 1997).

Kelas Actinobacteria memiliki 6 ordo, 46

famili, dan 202 genus. Jumlah spesies yang telah

ditemukan sebanyak 2.335. Jumlah actinomy-

cetes masih terus bertambah seiring dengan banyak

penemuan taksa baru yang didorong oleh penelitian

yang intensif. Streptomyces merupakan genus

terbesar dengan jumlah spesies lebih dari 500. Selain

196

Nurkanto & Agusta

Streptomyces, genera dominan yang juga banyak

ditemukan di antaranya Nocardia, Actinomadura,

Micromonospora, Microbispora, Streptosporangium,

dan Actinoplanes (Madigan et al. 2003, Goodfellow

et al. 2011).

Identifikasi molekuler terhadap actinomycetes

dapat dilakukan dengan berbagai pendekatan.

Identifikasi gen-gen tertentu yang menjadi penanda

suatu tingkat takson dalam actinomycetes telah

banyak dikembangkan. Sebagai contoh identifikasi

small sub unit (SSU) DNA, large sub unit (LSU)

DNA, dan multilocus gene. Analisis gen 16S

rRNA dalam SSU merupakan metode identifikasi

actinomycetes yang paling sering digunakan

(Embley & Stackebrandt 1994).

Identifikasi gen 16S rRNA didasarkan pada

banyak faktor. Gen 16S rRNA bersifat multi

copy karena terdapat sekitar 150-300 copy di

dalam genom. Hal tersebut mempermudah

untuk mendapatkannya dalam genom. Dalam

gen 16S rRNA terdapat daerah variabel dan

konservatif yang dapat dijadikan pembeda antar

spesies. Secara umum, gen 16S rRNA adalah

gen non fungsional dan bersifat lebih

konservatif karena evolusi berjalan lambat

(Avise 1994; Palys et al. 1997). Database

tentang bakteri berdasarkan identifikasi 16S

rRNA sudah banyak sehingga memudahkan

dalam pembandingan. Perpindahan gen 16S

rRNA secara horizontal tidak dapat terjadi

sehingga dapat dijadikan penanda spesies. Gen

16S rRNA bersifat universal pada bakteri

(Koonin 2003; Santos & Ochman 2004).

Identifikasi actinomycetes data sekuen 16S

rDNA relatif kompleks. Spesies actinomycetes

yang sama umumnya memiliki homologi

sequence gen 16S rDNA di atas 98 %. Nilai

homologi 98 % atau kurang mengindikasikan

spesies yang berbeda (Jauh-Hsun et al. 2002;

Patel et al. 2004). Walaupun demikian, dalam

beberapa kasus actinomycetes dapat dikelompokkan

menjadi spesies baru walaupun homologi 16S

rDNA di atas 99 %. Hal tersebut terjadi jika

nilai homologi hibridisasi DNA-DNA rendah,

atau kurang dari 70 % (Jauh-Hsun et al. 2002;

Patel et al. 2004).

Karakterisasi morfologi dan fisiologi juga

merupakan faktor penting. Adanya data morfologi

dan fisiologi dalam tahap identifikasi actinomycetes

dapat digunakan untuk mendiskripsikan isolat-isolat

yang sudah diidentifikasi secara molekuler.

Dalam beberapa kasus, sering dijumpai

kemiripan jenis dalam actinomycetes secara

molekuler, namun berbeda secara morfologi dan

fisiologi. Hal tersebut dapat terjadi jika

identifikasi molekuler yang dilakukan hanya

terhadap satu atau beberapa gen penanda saja

(Madigan et al. 2003). Adanya data morfologi,

fisiologi, dan molekuler akan memberikan hasil

yang akurat tentang identitas actinomycetes.

Karakterisasi tersebut dapat berupa kemampuan

asimilasi berbagai jenis gula, toleransi suhu

pertumbuhan, toleransi salinitas dan derajat

keasaman (pH), produksi beberapa enzim

tertentu, observasi morfologi miselium dan

spora, serta produksi senyawa tertentu. Perbedaan

karakter morfologi, fisiologi, dan biokimia antar

isolat actinomycetes, dapat menjadi kunci dalam

deskripsi spesies, selain informasi data molekuler.

Penelitian bertujuan untuk menemukan

identitas isolat-isolat actinomycetes yang

memiliki aktivitas antimikroba. Actinomycetes

yang diidentifikasi merupakan hasil seleksi dari

seratus isolat actinomycetes dengan aktivitas

antimikroba tertinggi berdasarkan penapisan yang

telah dilakukan pada penelitian sebelumnya.

Analisis filogenetik berdasarkan data molekuler

juga dilakukan untuk mengetahui hubungan

kekerabatan antar isolat yang diidentifikasi

maupun isolat actinomycetes lain. Analisis

filogenetik yang dilakukan sangat membantu

dalam menemukan jenis actinomycetes lain

yang memiliki kekerabatan dekat dengan isolat

yang sedang diidentifikasi. Karakterisasi

morfologi dan fisiologi terhadap isolat tersebut

juga dilakukan dalam penelitian ini untuk

melengkapi data melekuler yang diperoleh dan

digunakan sebagai dasar diskripsi isolat-isolat

yang sudah teridentifikasi.

BAHAN DAN CARA KERJA

Mikroba yang digunakan adalah isolat

actinomycetes yang memiliki aktivitas antimikroba

berdasarkan hasil penapisan yang telah dilakukan.

Isolat tersebut adalah BL-36-1, BL-20-2, BL-14

-2, RC-SS-37-4,RC-SS-37-16, BL-22-1, BL-06-

5 dan BL-22-3. Isolat tersebut ditumbuhkan

pada medium yeast starch agar (YSA),

Internasional standard Streptomyces 2 (ISP2).

197

Identifikasi Molekular dan Karakterissasi Morfo-Fisiologi Actinomycetes

DNA diekstraksi menggunakan metode

Guanidin EDTA Sarkosil (GES) (Pitcher et al.

1989). Gen 16S rRNA diamplifikasi dengan

menggunakan primer universal untuk bakteri

sesuai yang dilakukan Suriyachadkun et al. (2010),

yaitu 20F (5’-GATTTTGATCCTGGCTCAG–3’)

dan 1500R (5-GTTACCTTGTTACGACTT–3’).

Proses cycle sequencing dengan menggunakan Kit

BigDye Terminator v3.1 (Applied Biosystems) dan

primer 20 F, 520 F (5’-GTGCCAGCAGCCGCGG-

3’, 920 F (5’-AAACTCAAATGAATTGACGG-3’),

520 R (5’-ACCGCGGCTGCTGGC-3’), 920 R (5’-

CCGTCAATTCATTTGAGTTT-3’) dan 1500 R

(Yukphan et al. 2004; Nurkanto et al. 2010).

Produk PCR kemudian dianalisis dengan mesin

Automated DNA sequencer (ABI PRISM 3130

Genetic Analyzer; Applied Biosystems).

Analisis DNA menggunakan program BioEdit

dan program Basic Local Alignment Search

Tool (BLAST) pada database Bank gen

National Center for Biotechnology Information

(NCBI) (Hall 1999) dan Ribosomal Database

Project (RDP). Data NCBI BLAST tersedia pada

laman http://www.ncbi.nlm.nih.gov, sedangkan RDP

pada laman http://www.rdp.cme.msu.edu.

Analisis filogenetik menggunakan program

Clustal X versi 1.83 (Thompson et al. 1997).

Konstruksi pohon filogenetik berdasarkan jarak

kekerabatan genetik dengan metode Neighbor

joining (Saitou & Nei 1987). Konstruksi jarak evolusi

dalam derajat kepercayaan menggunakan bootstrap

value pada program NJ plot dengan 1.000 replikasi

bootstrap berdasarkan Felsenstein (1985). Spesies

pembanding yang digunakan adalah spesies type.

Data sekuen spesies type tersebut diperoleh dari

RDP.

Uji antimikroba dilakukan terhadap bakteri

(E. coli, B. subtilis, S. aureus, M. luteus) dan

jamur (C. albicans dan S. cereviceae). Analisis

antimikroba dengan menggunakan metode

difusi agar (Reller et al. 2009; Jorgensen 1999;

Baeur et al. 1996).

Karakterisasi dilakukan terhadap delapan

isolat terseleksi yang telah di sekuensing.

Karakterisasi yang dilakukan berupa pengamatan

morfologi dan fisiologi. Karakterisasi morfologi

dilakukan dengan mengamati ada tidaknya miselium

aerial, bentuk spora, warna koloni, warna miselium,

dan produksi pigmen, yang ditumbuhkan pada

medium yang berbeda (YSA dan ISP2).

Karakterisasi fisiologi dilakukan dengan mengamati

suhu pertumbuhan, toleransi salinitas, toleransi pH,

kemampuan asimilasi berbagai sumber karbon

dan kemampuan memproduksi enzim tertentu.

Masing-masing isolat actinomycetes ditumbuhkan

pada medium ISP2 agar kemudian diinkubasi pada

suhu 4, 10, 20, 27, 37 dan 45 oC. setelah 14 hari

inkubasi, pertumbuhan diamati untuk mendapatkan

data toleransi suhu pertumbuhan. Toleransi salinitas

juga dilakukan dengan pengamatan pertumbuhan

isolat pada medium ISP2 agar dengan penambahan

variasi konsentrasi NaCl 0, 1, 3, 5 dan 10% (w/

v). metode yang serupa juga dilakukan untuk

memperoleh data toleransi pH, isolat ditumbuhkan

pada medium ISP2 dengan variasi pH (3, 5, 7, 9, 11

dan 13) dan diinkubasi pada suhu 28 oC.

Kemampuan asimilasi karbon dan produksi

enzim tertentu dilakukan dengan menggunakan

Api® kit (Biomerieux) dengan metode sesuai

dengan instruksi dari penyedia kit.

HASIL

Sebanyak delapan isolat dengan aktivitas

antimikroba telah diseleksi untuk identifikasi.

Gambar isolat terseleksi tersebut tersaji pada

Gambar 1. DNA delapan isolat telah teramplifikasi

seperti ditunjukkan pada Gambar 2. Berdasarkan

marker 1 kilobasa (1 kb) yang telah digunakan,

terlihat bahwa semua DNA yang teramplifikasi

memiliki panjang sekitar 1500 pasang basa

(1500 bp). Hal tersebut sesuai dengan target

identifikasi gen 16S rRNA, yaitu nukletida

dengan panjang sekitar 1500 bp.

Hasil sekuensing yang telah dilakukan

menggunakan enam jenis primer diperoleh

panjang nukleotida yang berbeda untuk tiap

primer yang digunakan. Panjang nukleotida

untuk tiap primer berkisar antara 325 – 975.

Nukleotida yang diperoleh untuk tiap primer

telah disambung (contiq) untuk mendapatkan

urutan hasil sekuen penuh dari gen 16S rRNA.

Kalkulasi hasil sekuensing seperti pada Tabel 1.

Hasil contiq yang telah dilakukan, diperoleh

urutan nukleotida dari delapan isolat actinomycetes.

Panjang nukleotida tersebut berkisar 1400 bp.

Identitas isolat actinomycetes telah diperoleh

melalui BLAST berdasarkan urutan basa tersebut.

Hasil identifikasi molekuler isolat actinomycetes

adalah seperti pada Tabel 2.

198

Nurkanto & Agusta

Konstruksi pohon filogenetik

Konstruksi pohon filogenetik yang

menggambarkan hubungan kekerabatan antar spesies

dapat dilakukan untuk mempermudah analisis hasil

identifikasi. Konstruksi pohon filogenetik dalam

penelitian ini digunakan untuk mengetahui

hubungan kekerabatan secara kladistik antar

isolat actinomycetes terseleksi. Hubungan

tersebut ditunjukkan pada Gambar 3.

Karakterisasi morfologi dan fisiologi isolat

Actinomycetes

Pengamatan yang telah dilakukan dengan

membandingkan karakter antar isolat. Karakter

yang diambil dalam penelitian ini adalah

aktivitas antimikroba (Tabel 3), bentuk rantai

spora, warna koloni, warna pigmen (Tabel 4),

toleransi suhu pertumbuhan, salinitas dan

derajat keasaman (pH), kemampuan asimilasi

gula dan produksi enzim tertentu (Tabel 5).

PEMBAHASAN

Berdasarkan hasil identifikasi gen 16S rRNA,

delapan isolat actinomycetes masuk dalam genus

Streptomyces. Sebanyak lima isolat memiliki

persentase homologi terhadap strain type terdekatnya

dengan nilai kurang dari 98 %. Isolat tersebut adalah

BL-36-1, BL-20-2, BL-14-2, BL-22-1, dan BL-06-5.

Menurut Jauh-Hsun et al. (2002) dan Patel et al.

(2004), nilai homologi 98 % atau kurang

mengindikasikan spesies yang berbeda atau dapat

dipertimbangkan sebagai spesies baru. Walaupun

demikian, dalam beberapa kasus, actinomycetes

dapat dikelompokkan menjadi spesies baru walaupun

homologi 16S rDNA di atas 98 %. Hal tersebut

terjadi jika nilai homologi hibridisasi DNA-DNA

rendah, atau kurang dari 70 % (Jauh-Hsun et al.

2002; Patel et al. 2004).

Analisis filogenetik pada Gambar 2

menunjukkan bahwa delapan isolat actinomycetes

terpisah menjadi tujuh kelompok. Isolat RC-SS-37-

16 dan RC-SS-37-4 berada dalam satu cabang

dengan spesies terdekatnya, Streptomyces

costaricanus (T); NBRC 100773; AB249939.

Isolat BL-22-3 berkerabat dekat dengan

Streptomyces parvulus (T); NBRC 13193;

AB184326. Isolat BL-36-1, BL-20-2, dan BL-

22-1 secara filogenetik terpisah dengan spesies

1

2

3

A B C

G H

D

E F

Gambar 1. Bentuk koloni isolat actinomycetes terseleksi aktivitas antimikroba tertinggi, di-mana A : isolat BL-36-1; B : isolat BL-06-5; C : isolat BL-20-2; D : isolat RC-SS-37-4; E : isolat RC-SS-37-16; F : isolat BL-14-2; G : isolat BL-22-1; dan H : isolat BL-22-3.

Gambar 2. Hasil elektroforesis produk PCR gen 16S rRNA dari delapan isolat actinomycetes. dari kiri ke kanan : marker 1 kb, BL-36-1, BL-20-2, BL-14-2, RC-SS-37-4, RC-SS-37-16, BL-22-1, BL-06-5, BL-22-3 dan BL-22-5.

Tabel 1. Kalkulasi panjang nukleotida hasil sek-uensing gen 16S rRNA terhadap delapan isolat actinomycetes dengan menggunakan enam primer yang berbeda

199

Identifikasi Molekular dan Karakterissasi Morfo-Fisiologi Actinomycetes

terdekatnya. Hasil analisis filogenetik menunjukkan

hasil yang hampir sama dengan homologi

sekuen DNA dimana lima isolat (BL-36-1, BL-

20-2, BL-14-2, BL-22-1, dan BL-06-5)

merupakan kandidat jenis baru berdasarkan full

sequence gen 16S rRNA

Gambar 3 menunjukkan hampir semua

spesies terdekat dari actinomycetes yang

diidentifikasi memiliki aktivitas antimikroba.

Hal tersebut menunjukkan bahwa studi filogenetik

yang telah dilakukan tidak hanya berperan dalam

mengetahui hubungan kekerabatan terhadap spesies

lain maupun perubahan evolusi dari nenek moyang

bersama secara genetik. Pengelompokan aktivitas

biologi juga dapat diketahui melalui analisis

filogenetik. Hal tersebut berarti analisis filogenetik

dapat dimanfaatkan untuk studi pencarian senyawa

obat yang bersumber dari mikroba.

Berdasarkan hasil observasi karakter morfologi

dan fisiologi seperti pada Tabel 3-5, diketahui

bahwa delapan isolat terpilih memiliki karakter

yang berbeda. Semua isolat memiliki kemampuan

memproduksi metabolit yang bersifat sebagai

antimikroba, namun selektif terhadap jenis mikroba

Kode isolatJumlah

nukleotida Spesies identik

Persentase

homologi

BL-36-1 1328 Streptomyces mobaraensis (T); NRRL B-3729T; DQ442528 95.2

BL-20-2 1454 Streptomyces violarus (T); NBRC 13104; AB184316 97.4

BL-14-2 1409 Streptomyces kanamyceticus (T); NRRL B-2535T; DQ442511 93.9

RC-SS-37-4 1404 Streptomyces costaricanus (T); NBRC 100773; AB249939 100

RC-SS-37-16 1453 Streptomyces costaricanus (T); NBRC 100773; AB249939 99.8

BL-22-1 1448 Streptomyces labedae (T); NBRC 15864; AB184704 94.6

BL-06-5 1515 Streptomyces kunmingensis (T); NRRL B-16240T; DQ442513 96.2

BL-22-3 1470 Streptomyces parvulus (T); NBRC 13193; AB184326 98.6

Tabel 2. Hasil identifikasi gen 16 S rRNA isolat actinomycetes yang memiliki kemampuan antimikroba tertinggi.

Gambar 3. Pohon filogenetik delapan isolat actinomycetes yang diidentifikasi berdasarkan full sequence gen 16S rRNA, metode Neighbor-Joining dengan 1.000 replikasi bootstrap, Dimana GP = anti bakteri gram positif, GN = antibakteri gram negatif, AF = antifungi, AK = antikanker, dan [--] = tidak memiliki ak-tivitas antimikroba.

200

Nurkanto & Agusta

tertentu, seperti isolat BL-14-2 hanya memiliki

aktivitas antibakteri dan satu isolat BL-06-5 hanya

memiliki aktivitas antifungi. Enam isolat yang

lain memiliki aktivitas antibakteri dan antifungi.

Semua isolat memiliki aerial miselium tetapi

memiliki bentuk rantai spora yang berbeda,

yang dikatagorikan menjadi empat bentuk. Hal

yang unik adalah bahwa dalam satu isolat dapat

memiliki warna koloni, miselium, dan produksi

pigmen yang tidak selalu sama ketika ditumbuhkan

pada medium yang berbeda (ISP-2 dan YSA). Hal

tersebut menunjukkan bahwa perbedaan komposisi

medium dapat mempengaruhi sebagian karakter

morfologi dari actinomycetes. Semua isolat

memiliki toleransi suhu dan pH pertumbuhan

yang sama, yaitu 20-37 oC dan 7-9. Toleransi

salinitas bervariasi, namun tidak lebih dari 3 %.

Kemampuan asimilasi gula menunjukkan profil

yang berbeda untuk setiap isolat, tidak ada isolat

yang memiliki kemampuan menggunakan jenis

gula yang sama persis. Uji produksi enzim

menunjukkan hasil yang positif, kecuali pada

kemampuan pengasaman glukosa, semua tidak

aktif kecuali isolat BL-06-5.

Berdasarkan analisis filogenetik dan hasil

identifikasi, isolat RC-SS-37-4 dan RC-SS-37-

16 merupakan spesies yang sama. Kedua isolat

tersebut teridentifikasi sebagai Streptomyces

costaricanus. Analisis alignment menggunakan

program Clustal X 2.0.11 dan BLAST 2

sequences pada NCBI gene bank menunjukkan

tidak terdapat berbedaan nukleotida antara

kedua isolat dengan homologi sebesar 100 %.

Data karakterisasi antara kedua isolat tersebut

hampir sama. Walaupun demikian, terdapat

sedikit perbedaan dari karakterisasi fisiologi,

dimana isolat RC-SS-37-16 dapat menghambat

B. subtilis sedangkan RC-SS-37-4 tidak dapat.

Isolat RC-SS-37-4 mampu mengasimilasi

adipat, malat, dan fenil asetat, sedangkan isolat

Antimikroba B-36-1 BL-20-2 BL-14-2 RC-SS-37-4RC-SS-37-16 BL-22-1 BL-06-5 BL-22-3

E.coli - + + - - - - -

B.subtilis + + + - + + - +

S. aureus + + - + + + - +

M. luteus + + + + + + - +

C.albicans - - - - - - + -

S.

cereviceae+ + - + + + + +

Isolat

Parameter Pengamatan

B-36-1 BL-20-2 BL-14-2 RC-SS-37-4 RC-SS-37-16 BL-22-1 BL-06-5 BL-22-3

Aerial mycelium + + + + + + + +

Bentuk rantai spora

Rectiflexibiles - - + - - - - -

Spirales + + - + + + - -

Verticillate - - - - - - + +

Rectinaculiaperti - - - - - - - -

Warna koloni abu-abu merah merah abu-abu abu-abu kuning Putih abu-abu

Produksi pigmen ke media - - - kuning kuning - coklat kuning

Koloni bawah abu-abu oranye merah hitam hitam kuning abu-abu abu-abu

Warna koloni abu-abu coklat merah putih putih kuning coklat putih

Produksi pigmen ke media abu-abu - - kuning kuning - coklat -

Koloni bawah abu-abu coklat merah kuning kuning kuning coklat putih

Isolat

Warna koloni, miselium dan pigmen pada medium YSA

Warna koloni, miselium dan pigmen pada medium ISP2

Tabel 3. Aktivitas antimikroba isolat actinomycetes setelah 7 hari inkubasi pada medium cair ISP2.

Tabel 4. Karakterisasi morfologi actinomycetes terseleksi

201

Identifikasi Molekular dan Karakterissasi Morfo-Fisiologi Actinomycetes

Parameter

pengamatan B-36-1 BL-20-2 BL-14-2 RC-SS-37-4 RC-SS-37-16BL-22-1 BL-06-5 BL-22-3

Suhu pertumbuhan

4 oC - - - - - - - -

10 oC - - - - - - - -

20 oC + + + + + + + +

27 oC + + + + + + + +

37 oC + + + + + + + +

45 oC - - - - - - - -

Toleransi salinitas

0% + + + + + + + +

1% + + + + + + + +

3% - - - + + - - +

5% - - - - - - - -

10% - - - - - - - -

Toleransi pH

3 - - - - - - - -

5 - - - - - - - -

7 + + + + + + + +

9 + + + + + + + +

11 - - - - - - - -

13 - - - - - - - -

Asimilasi gula

Glukosa + + + + + + + +

Arabinosa - + - - - - + +

Mannosa - - - + + + + +

Mannitol + + + + + - + +

N-acetyl glukosamin + - + + + + + +

Maltosa + - + + + + + +

Glukonat + - + + + + + +

Kaprat - + + - - + - +

Adipat - - + + - + - +

Malat - - + + - + + +

Sitrat - - + - - + - +

Fenil-asetat - - - + - - - -

Produksi enzim

Pengasaman glukosa - - - - - - + -

Arginin dihidrolase + + + + + + + +

Urease + + + + + + + +

ß-glukosidase + + + + + + + +

Protease + + + + + + + +

ß-galaktosidase + + + + + + + +

Isolat

Tabel 5. Karakterisasi fisiologi actinomycetes terseleksi

RC-SS-37-16 tidak mampu mengasimilasi gula

tersebut. Sedikit perbedaan karakter antar kedua

isolat diduga hanya menunjukkan perbedaan

pada level strain, sedangkan spesiesnya tetap

sama, yaitu Streptomyces costaricanus.

Analisis menyimpulkan bahwa isolat RC-

SS-37-4 dan RC-SS-37-16 adalah satu spesies,

namun kemungkinan berbeda strain atau sub

spesies didukung oleh data penelitian lain.

Penelitian yang dilakukan oleh Esnard et al.

(1995) menyatakan bahwa actinomycetes dalam

satu spesies dapat memiliki karakter morfologi

dan fisiologi yang berbeda, seperti yang terjadi

pada S. hygroscopicus dan S. hygroscopicus subsp.

decoyinus. Kedua spesies S. hygroscopicus tersebut

memiliki perbedaan warna koloni, kemampuan

asimilasi gula, toleransi salinitas dan pH, serta

resistensi beberapa jenis antibiotik. Walaupun

202

Nurkanto & Agusta

demikian, sekuen gen 16S rRNA kedua isolat

tersebut identik.

KESIMPULAN

Berdasarkan full sequence identifikasi

menggunakan pendekatan molekuler gen 16S rRNA

dan karakterisasi morfologi serta fisiologi, delapan

isolat yang memiliki aktivitas antimikroba masuk

dalam genus Streptomyces. Isolat RC-SS-37-4 dan

RC-SS-37-16 teridentifikasi sebagai S. costaricanus.

Isolat BL-36-1 adalah S. mobaraensis (95,2%), isolat

BL-20-2 teridentifikasi sebagai S. violarus (97,4%)

dan BL-14-2 adalah S. kanamyceticus (93,9%).

Sedangkan isolat BL-22-1, BL-06-5 dan BL-22-3

berturut-turut teridentifikasi sebagai S. labedae

(94,6%), S. kunmingensis (96,2%) dan S. parvulus

(98,6%).

UCAPAN TERIMAKASIH

Penelitian ini dibiayai oleh DIPA Pusat

Penelitian Biologi LIPI serta Kementerian Riset

dan Teknologi. Ucapan terimakasih kami

ucapkan kepada Dian Alfian dari Puslit Biologi

LIPI, atas bantuan selama sekuensing.

DAFTAR PUSTAKA

Avise, JC. 1994. Molecular Markers, Natural

History and Evolution. New York: Chapman

& Hall.

Embley TM. & E. Stackebrandt. 1994. The

Molecular Phylogency and Systematics

of the Actinomycetes. Annual Review of

Microbiology 48: 257-289.

Esnard, J., TL. Potter & BM. Zuckerman. 1995.

Streptomyces costaricanus sp. nov.,

isolated from Nematode-suppresive soil.

International Journal of Systematic and

Evolutionary Microbiology. 5(4): 775-779.

Felsenstein, J. 1985. Confidence limitson

phylogenies: an approach using the bootstrap.

Journal Organism Evolution. 39: 783-789.

Goodfellow, M., P. Kämpfer, HJ. Busse, ME.

Trujillo, KI. Suzuki, W. Ludwig & WB.

Whitman. 2011. Bergey's Manual of

Systematic Bacteriology 2nd Edition volume

5. Springer, New York.

Jauh-Hsun, C., T. Vinh, JK. Davies & D. Figdor.

2002. Molecular approaches to the

differentiation of Actinomycetes spesies.

Journal of Molecular Oral Microbiology. 14:

250-256.

Jorgensen, TJA. 1999. Antibacterial susceptibility

tests: dilution and disk diffusion

methods. Manual of Clinical Microbiology,

seventh ed. ASM Press, Washington, DC,

1526-1543.

Koonin, EV. 2003. Comparative genomics,

minimal gene-sets and the last common

universal ancestor. Natural Review of

Microbiology. 1: 127-136.

Kurtboke, I. 2001. Selective isolation of rare

Actinomycetes. Queensland, Australia.

Madigan, MT., JM. Martiko & J. Parker. 2003.

Biology of Microorganisms. Tenth Edition.

Pearson Education, Inc. USA.

Miyadoh, S. 1997. Atlas of Actinomycetes.

Asakura Publishing Co Ltd. Japan.

Nurkanto, A., F. Listyaningsih, H. Julistiono & A.

Agusta. 2010. Eksplorasi keanekaragaman

Actinomycetes tanah Ternate sebagai sumber

antibiotik. Jurnal Biologi Indonesiai. 6 (3):

325-339.

Palys, T., LK. Nakamura & FM. Cohan. 1997.

Discovery and classification of ecological

diversity in the bacterial world: the role

of DNA sequence data. International

Journal Systematic and Evolutionary

Microbiology. 47: 1145-1156.

Patel, JB., RJ. Wallace Jr., BA. Coklat-Elliott,

T. Taylor, C. Imperatrice, DBG. Leonard,

RW. Wilson, L. Mann, KC. Jost & I.

Nachamkin. 2004. Sequence-based

identification of aerobic Actinomycetes.

Journal Clinical microbiology. 42 (6):

2530-2540.

Pitcher, DG., NA. Saunders & RJ. Owen. 1989.

Rapid extraxtion of bacterial genomic DNA

with Guanidium thiocyanate. Journal Letter

Applied Microbiology. 8: 108 – 114.

Reller, L. B., M. Weinstein, JH. Jorgensen, &

MJ. Ferraro. 2009. Antimicrobial

susceptibility testing: a review of

general principles and contemporary

practices. Clinical infectious diseases. 49

(11): 1749-1755.

Saitou, N. & M. Nei. 1987. The Neighbor-Joining

method: a new method for reconstruction

203

Identifikasi Molekular dan Karakterissasi Morfo-Fisiologi Actinomycetes

phylogenetic tree. Journal Molecular Biology

Evolution 4 : 406-425.

Santos, SR. & H. Ochman. 2004. Identification and

phylogenetic sorting of bacterial lineages with

universally conserved genes and protein.

Journal Environmental Microbiology. 6: 754-

759.

Suriyachadkun, C., S. Chunhametha, T. Tamura, C.

Thawai, W. Potacharoen, K. Kirtikara & JJ.

Sanglier. 2010. Planotetraspora thailandica

sp. nov., isolated from soil in Thailand.

International Journal Systematic and

Evolutionary Microbiology 60 (9) : 2076-

2081.

Takisawa, M., RR. Colwel & RT. Hill. 1993.

Isolation and diversity of Actinomycetes

in the Chesapheake bay. Journal Applied

Environmental Microbial. 59: 997–

1002.

Thompson, JD., TJ. Gibson, F. Plewniak & DG.

Higgins. 1997. Clustal X windows interface:

flexible strategies for multiple sequence

aligment aided by quality analysis tools.

Journal Nucleic Acids Research. 25: 4876-

4882.

Yukphan, P., W. Potacharoen , S. Tanasupawat,

M. Tanticharoen, & Y. Yamada. 2004.

Asaia krungthepensis sp. nov., an acetic

acid bacterium in the alpha-Proteobacteria.

International Journal of Systematic and

Evolutionary Microbiology. 54: 313–316.

PANDUAN PENULIS

Naskah dapat ditulis dalam bahasa Indonesia atau bahasa Inggris. Naskah disusun dengan urutan: JUDUL (bahasa Indonesia dan Inggris), NAMA PENULIS (yang disertai dengan alamat Lembaga/Instansi), ABSTRAK (bahasa Inggris, dan Indonesia maksimal 250 kata), KATA KUNCI (maksimal 6 kata), PENDAHULUAN, BAHAN DAN CARA KERJA, HASIL, PEMBAHASAN, UCAPAN TERIMA KASIH (jika diperlukan) dan DAFTAR PUSTAKA. Penulisan Tabel dan Gambar ditulis di lembar terpisah dari teks.

Naskah diketik dengan spasi ganda pada kertas HVS A4 maksimum 15 halaman termasuk gambar, foto, dan tabel disertai CD. Batas dari tepi kiri 3 cm, kanan, atas, dan bawah masing-masing 2,5 cm dengan program pengolah kata Microsoft Word dan tipe huruf Times New Roman berukuran 12 point. Setiap halaman diberi nomor halaman secara berurutan. Gambar dalam bentuk grafik/diagram harus asli (bukan fotokopi) dan foto (dicetak di kertas licin atau di scan). Gambar dan Tabel di tulis dan ditempatkan di halaman terpisah di akhir naskah. Penulisan simbol a, b, c, dan lain-lain dimasukkan melalui fasilitas insert, tanpa mengubah jenis huruf. Kata dalam bahasa asing dicetak miring. Naskah dikirimkan ke alamat Redaksi sebanyak 3 eksemplar (2 eksemplar tanpa nama dan lembaga penulis).

Penggunaan nama suatu tumbuhan atau hewan dalam bahasa Indonesia/Daerah harus diikuti nama ilmiahnya (cetak miring) beserta Authornya pada pengungkapan pertama kali.

Pustaka didalam teks ditulis secara abjad.

Contoh penulisan Daftar Pustaka sebagai berikut :

Jurnal : Achmadi, AS., JA. Esselstyn, KC. Rowe, I. Maryanto & MT. Abdullah. 2013. Phylogeny, divesity , and

biogeography of Southeast Asian Spiny rats (Maxomys). Journal of mammalogy 94 (6):1412-123. Buku : Chaplin, MF. & C. Bucke. 1990. Enzyme Technology. Cambridge University Press. Cambridge. Bab dalam Buku : Gerhart, P. & SW. Drew. 1994. Liquid culture. Dalam : Gerhart, P., R.G.E. Murray, W.A. Wood, & N.R.

Krieg (eds.). Methods for General and Molecular Bacteriology. ASM., Washington. 248-277. Abstrak : Suryajaya, D. 1982. Perkembangan tanaman polong-polongan utama di Indonesia. Abstrak Pertemuan

Ilmiah Mikrobiologi. Jakarta . 15 –18 Oktober 1982. 42. Prosiding : Mubarik, NR., A. Suwanto, & MT. Suhartono. 2000. Isolasi dan karakterisasi protease ekstrasellular dari

bakteri isolat termofilik ekstrim. Prosiding Seminar nasional Industri Enzim dan Bioteknologi II. Jakarta, 15-16 Februari 2000. 151-158.

Skripsi, Tesis, Disertasi : Kemala, S. 1987. Pola Pertanian, Industri Perdagangan Kelapa dan Kelapa Sawit di Indonesia.[Disertasi].

Bogor : Institut Pertanian Bogor. Informasi dari Internet : Schulze, H. 1999. Detection and Identification of Lories and Pottos in The Wild; Information for surveys/

Estimated of population density. http//www.species.net/primates/loris/lorCp.1.html.