grup a baru

15
GRUP A

Upload: marena-thalita

Post on 12-Dec-2015

229 views

Category:

Documents


4 download

DESCRIPTION

grup a pada sistem periodik

TRANSCRIPT

Page 1: Grup A baru

GRUP A

Page 2: Grup A baru

Epilepsi adalah salah satu kelainan neurologis utama yang terjadi karena fungsi abnormal dari berbagai reseptor dan enzim dalam sistem saraf pusat. Baru-baru ini obat yang dikembangkan banyak mengandung ion natrium, ion kalsium, ion klorida, reseptor GABA dan enzim GABA transaminase.Beberapa obat bertindak sebagai enzim, saluran ion inhibitor atau blocker, dan beberapa obat sebagai agonis reseptor seperti barbiturat, benzodiazepin yang bekerja pada reseptor GABA.

LATAR BELAKANG

Page 3: Grup A baru

Dalam penelitian ini dilakukan teknik komputasi untuk mengembangkan inhibitor yang lebih baik

untuk enzim GABA transaminase dengan memodifikasi gugus 'metil' terminal dari struktur

asam valproatPenelitian dengan mekanisme molekul telah

dilakukan untuk analog dan interaksi protein- ligan dari analog ini diidentifikasi melalui studi

docking menggunakan perangkat lunak GOLD 4.1 terhadap enzim 4-aminobutyrate-

aminotransferase (GABA transaminase).Dari studi docking kami menemukan bahwa

penggantian metil dengan amina, hidrogen dan gugus hidroksil (kelompok hidrofilik)

menunjukkan kemampuan dari asam valproat.

Page 4: Grup A baru

Epilepsi atau gangguan kejang adalah gangguan saraf yang disebabkan pensinyalan abnormal oleh kelompok

saraf di otak, mengubah kesadaran individu, tindakan atau gerakan. Sumber penyakit ini adalah otak tetapi dapat

mempengaruhi setiap bagian tubuh lainnya. GABA (gamma amino asam butirat) adalah

neurotransmitter yang paling berkontribusi saat kejang. GABA disintesis di otak oleh neuron GABAergic dari asam

amino Valproate obat antikonvulsan digunakan untuk antiepilepsi dan dalam penelitian ini dilakukan dengan meningkatkan

neurotransmisi GABA dengan menghambat aktivitas GABA transaminase.

PENDAHULUAN

Page 5: Grup A baru

Struktur dari target 4-aminobutyrate-aminotransferase itu diambil dari server http://www.rcsb.org/pdb dengan PDB ID 1OHV memiliki 4 rantai identik, resolusi 2.30Å dan terdiri dari 472 residu dimana yang 461 residu yang diidentifikasi terdapat di wilayah domain. Stabilitas struktur ini disebabkan oleh struktur Alpha heliks yang terdiri 43% (22 heliks; 204 residu) dan lembar beta yang terdiri 14% (22 helai; 68 residu) dari protein. Struktur obat asam valproat diperoleh dari Drugbank dan analognya dikembangkan menggunakan Accelrys Symex Draw4.0, kemudian persiapan untuk docking oleh Hyperchem 8.0 dan berlabuh terhadap target menggunakan GOLD 4.1 alat.

BAHAN DAN METODE

Page 6: Grup A baru

Obat asam valproat disketsa dan diubah menjadi model 3D menggunakan Accelrys Symex Draw 4.0. Eclectrophile, nukleofil dan Netral R-kelompok untuk penggantian gugus fungsi -NH2, -CH2CH3, -OH, -Cl & -H. semua analog ini kemudian diketik dengan CHARMm forcefield dan minimisasi energi dilakukan dengan algoritma Polak Ribiere, RMS gradien 0,1 dan nilai parameter Max step 2000 di Hyperchem 8.0.

PERSIPAN ANALOG

Page 7: Grup A baru

Optimalisasi geometri dari protein yang diambil dilakukan dengan menghilangkan molekul air, ion, atom hetero dan

ligan. Hidrogen ditambahkan untuk memenuhi valensi dari molekul.

PERSIAPAN PROTEIN

Page 8: Grup A baru
Page 9: Grup A baru

Protein yang telah siap dan semua analog kemudian diperlakukan docking menggunakan software Optimasi Genetik untuk Ligan Docking (GOLD) 4.1

Proses tersebut menggunakan parameter algoritma genetika untuk docking, yang melibatkan pencarian konformasi untuk menemukan analog ikatan pelengkap yang terbaik yang berikatan dengan sisi aktif target. Jumlah sisi aktif atom diidentifikasi untuk melakukan docking. Interaksi antara protein dan analog dapat divisualisasikan, jumlah ikatan hidrogen dan jaraknya dapat dihitung.

DOCKING MENGGUNAKAN GOLD

Page 10: Grup A baru

Docking dilakukan untuk analisis interaksi ligan protein menggunakan software GOLD 4.01

HASIL DAN PEMBAHASAN

Page 11: Grup A baru
Page 12: Grup A baru

H A S I L

Page 13: Grup A baru

Fungsi kecocokan dihitung untuk memprediksi afinitas elektron, dan analog dengan skor kecocokan yang lebih tinggi dan telah dipertimbangkan sebagai analog yang potensial, di mana obat Valproate telah menunjukkan skor 24,8 dan skor GOLD kecocokan untuk ligan lain ditunjukkan dalam Tabel 1. Skor kecocokan komponen GOLD pada energi ikatan hidrogen eksternal dan energi eksternal vander Waals yang memiliki nilai yang lebih tinggi daripada Obat valproate dan skor energi internal vander Waals juga mengalami variasi sehingga ditemukan sebagai penentu faktor kecocokan kompleks obat-protein.

Page 14: Grup A baru

Hasil yang diperoleh di atas menunjukkan bahwa sebelum sintesis, pengujian aktivitas biologis dan uji klinis dari analog baru, satu dapat menggunakan mekanika molekul dan metode analog berdasarkan desain obat untuk penilaian kualitatif afinitas ikatan untuk mempercepat proses penemuan obat dengan menghilangkan senyawa yang kurang potensial dari sintesis. Analog dengan substituen -NH2, -H dan -OH telah ditemukan sebagai analog yang paling cocok dalam penelitian dan mungkin memiliki kesempatan untuk menunjukkan hasil yang lebih baik daripada Valproate di laboratorium juga.

Page 15: Grup A baru