GenBank

Database sekuen DNA GenBank dibentuk dan didistribusikan NCBI melalui staff NCBI yang ahli di bidang biologi

molekuler. Database berasal dari sekuen yang diberikan oleh laboratorium individual. Selain itu NCBI juga

senantiasa melakukan pertukaran data dengan European Molecular Biology Laboratory (EMBL) dan DNA

Database of Japan (DDJB) sebagai anggota dari International Nucleotide Sequence Database

Collaboration (INSDC) sehingga data dalam GenBank selalu baru dan mencakup dunia secara luas. Paten dan

merk dagang memungkinkan inkorporasi data sekuen yang dipatenkan.

Beberapa menu lain yang disediakan oleh NCBI yang populer antara lain BLAST, Pubmed, Pubmed central,

Gene, Genome, Nucleotide, Protein dan SNP. Salah satu tools yang tersedia dalam situs NCBI ini adalah

BLAST.

BLAST

Blast adalah program pencarian kesamaan sekuen yang dikembangkan NCBI dan merupakan alat untuk

mengindentifikasi gen dan fitur genetik. BLASt dapat mengeksekusi pencarian sekuen melawan seluruh

database DNA dalam waktu kurang dari 15 detik.  BLAST didasarkan pada gagasan persen-kesamaan

antara urutan, model statistik dari distribusi mendapatkan urutan nukleotida yang diberikan oleh

kebetulan. Jika dua urutan nukleotida menunjukkan kesamaan gelar yang mereka bisa, sesuai

dengan model statistik, digunakan oleh seorang peneliti untuk menyimpulkan urutan homolog.

Model statistik yang berbeda ada untuk urutan protein. NCBI menawarkan berbagai BLAST berbasis

alat untuk menganalisis berbagai jenis data. Selain menggunakan BLAST untuk mendukung sebuah

kesimpulan tentang homologi antara dua urutan, adalah mungkin untuk BLAST urutan query

terhadap genom manusia atau genom mouse untuk mencari sekuens homolog.

NCBI juga memiliki alat analisis data meliputi Elektronik-PCR, yang menempatkan urutannya pada

urutan situs terpopuler, dan BLAST-Link (Blink), yang menunjukkan keberpihakan BLAST protein

untuk setiap urutan protein yang ditemukan dalam Entrez. Melalui website NCBI seorang peneliti

dapat mengakses begitu banyak alat analisi yang berkaitan dengan biologi molekuler. Selain itu

NCBI juga memiliki daftar lengkap non lengkap yang juga berhubungan dengan biologi molekuler.

Sebuah daftar lengkap non-alat meliputi: OrfFinder (untuk membuka-membaca frame), RefSeq,

UniGene, SNP Database (untuk single-nukleotida polimorfisme), Human Genome Sequencing,

MapViewer Manusia (untuk melihat draft dari proyek genom manusia), Ekspresi gen Omnibus,

Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) (katalog penyakit genetik manusia), Database

Modeling Molekuler (MMDB) yang merupakan database protein 3D struktur, dan Conserved

Domains Database (CDD).

Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu:

1. Nucleotide BLAST (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida yang kita miliki dengan database

sekuen nukleotida

2. protein BLAST (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki dengan database

sekuen protein

3. BLASTx : membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah sekuen nukleotida (translated

nucleotide) yang kita miliki dengan database sekuen protein

4. tBLASTn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida yang

secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.

5. tBLASTx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida

Software tambahan yang disediakan oleh NCBI adalah: Open Reading Frame Finder (ORF Finder), Electronic

PCR, dan software pengajuan sekuen, Sequin dan Banklt. Semua database dan software NCBI tersedia dari

WWW atau melalui FTP. NCBI juga memiliki server email yang menyediakan jalur alternatif untuk mengakses

database

d