Download - Mikrobiologi Tanah
![Page 1: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/1.jpg)
Oleh: Asri Peni Wulandari Ph.D
Laboratorium Mikrobiologi Lingkungan, Jurusan Biologi –FMIPAUniversitas Padjadjaran
MATERI 6:
![Page 2: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/2.jpg)
Partikel mineral (dari pengikisanbatu) dan materi
Organik (dari sisa tanaman, binatang, dan m.o).
Mineral dan partikel organik bercampur dalam tanah, membentuk berbagai variasi agregate tanah.
2
![Page 3: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/3.jpg)
HORISON O: Lapisan dari materi tanamanYang tidak terdekomposisi.
HORISON A:Permukaan tanah (kaya akan materi Organik, warna gelap, tanah an dibajakDalam pertanian; tanaman dan m.oTumbuh di horison ini; aktivitas m.oSangat tinggi).
HORISON BSub tanah : mineral, humus, dsb, cairan tanahdari permukaan tanah terakumulasi diHorison ini; sedikit materi organik, danAktivitas mikrobial lebih rendah.
HORISON C:Dasar tanah terisri dari tumpukan tanah,Aktivitas m.o sangat rendah.
3
![Page 4: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/4.jpg)
A. Soils consist of peds (heterogeneous aggregates of various sizes that contain complex networks of pores and surfaces) that influence nutrient availability and that affect interactions among different microbes
B. Gradients of various environmental factors and nutrients can exist within the pores of the soil (e.g., oxygen gradients)
C. Various soil components= binding affinities for nutrients and other substances can create different microenvironments within the soil; (e.g., anaerobic microsites)
4
![Page 5: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/5.jpg)
D. Physical factors (e.g., pH) can influence microorganisms that are associated with surfaces
E. Soil clays and humus (partially degraded and stabilized organic matter) attract and bind organic and inorganic substances
F. Clays can serve as genetic microchips where microbially derived enzymes, RNA and DNA allow binding and elongation of nucleic acids
5
![Page 6: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/6.jpg)
• M.o tanah akan berada dalam atmosfir tanah dan di dalam fase berair (mis. Cairan tanah) di dalam pori yang berada dianatara partikel atau aggregat.
• Udara dan air = limiting factor
Tanah merupakan kumpulan yangSolid (mineral dan konp. Organik), Likuid, dan gas. M.o umumnya sebagai mikro koloniDalam partikel tanah.M.O tanah tsb dapat menghindar dariaktivitas predator dengan cara berlindung di Pori tanah yang kecil.
6
![Page 7: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/7.jpg)
Mikroba di dalam lapisan discontinuous water diatasPermukaan partikel tanah akan Mendapatkan O2 yang bagus.
Sebaliknya, didalam pori yang Terisi air akan ada batasan O2,Menghasilkan kondisi mikroLingkungan anoxic.
Pergerakan bakteri melalui tanah dapat terjadi ketika bidang pori berair adalah kontinus tetapi terputus bila mereka menjadi diskontinus.
7
![Page 8: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/8.jpg)
Level Oksigen diPartikel tanah yang berpasir.
O2
8
![Page 9: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/9.jpg)
• Tanah merupakan habitat favorit untuk pertumbuhan m.o seperti bacteria, fungi,algae, viruses dan protozoa.
• Microorganisms akan didapatkan dalam populasi yang besar di dalam tanah – biasanya ~ 1. 106 – 10. 106jt sel/gram tanah.
• Bacteria dan fungi bersifat dominan.• Kandungan nutrien di tanah sebagai
pembatas untuk pertumbuhan mikroba di tanah.
9
![Page 10: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/10.jpg)
• Hampir di setiap transformasi kimiawi berlangsung di tanah termasuk kontribusi aktif dari m.o tanah.
• Peranan aktif dalam tanah yang fertil segai hasil dari keterlibatan mikroba tanah dalam siklus nutrien seperti siklus karbon dan nitrogen, yang diperlukan untuk pertumbumbuhan tanah.
• M.o tanah bertanggungjawab untuk dekomposisi materi organik yang masuk ke tanah dan selanjutnya masuk dalam siklus nutrien di tanah.
• M.o tertentu seperti mycorrhizal fungi dapat meningkatkan keberadaan nutrien (seperti fosfor) untuk kebutuhan pertumbuhan tanaman.
10
![Page 11: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/11.jpg)
1.CO2 fixation by photoautotrophs and chemoautotrophs.
2. Methanogenesis from inorganic (CO2+H2) or organic matter, involves various archaea methanogens (Methanobacterium,
others). Global CH4production ~1011
kg / yr (~85% biogenic)
11
![Page 12: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/12.jpg)
• Dekomposisi anaerobik dari subatansi organik ke CO2 dan CH4 melibatkan beberapa reaksi yang berbeda dan berbagai spesies m.o. (disebut juga Interspesies Transfer Hidrogen; di dalam usus, sistem pencernaan, sedimen, atau tanah).
a. Polimer kompleks →monomer-monomerb. Sub unit monomerik → organic acidsc. Fermentations→ acetate, CO2, and H2
d. Methanogens mengahsilkan methane (CH4)
12
![Page 13: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/13.jpg)
• Carbon fixer• Photoautotrophs
- Anaerobic – Chromatium (purple, sulfur bacteria)
- Aerobic – cyanobacteria• Chemoautotrophs - anaerobic
- Methanotrophs: Methylomonas
- Sulfur oxidizer: Thiobacillus
13
![Page 14: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/14.jpg)
1. Nitrogen fixation2. NH3 assimilation3. Ammonification4. Nitrosification5. Nitrification6. Nitrate assimilation7. Dissimilatory nitrate reduction8. Denitrification
14
![Page 15: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/15.jpg)
1. Fiksasi Nitrogen : N2 → NH3 (aerobic)
- free-living: Azotobacter, cyanobacteria;
- symbiotic: Rhizobium, Frankia- (anaerobic): Clostridium perfringens,
purple & green sulfur phototrophs.
2. NH3 assimilation (aerobik & anaerobik)
3. Ammonification (organik N→ NH3)
15
![Page 16: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/16.jpg)
4.Nitrosifikasi (aerobik), Nitrosomonas5. Nitrifikasi (aerobik), Nitrobacter6. Nitrat assimilasi (NO3-→ NH3 → amino
acids)7. Dissimilatory reduksi nitrate (NO3-→ NO2-)8. Denitrifikasi (NO3- → N2) Bacillus,
Pseudomonas
16
![Page 17: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/17.jpg)
Siklus S
17
![Page 18: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/18.jpg)
1. Oksidasi Sulfur (S→ SO3-2→ SO4
-2): (aerobic) banyak jenis chemolithotrophs;
(anaerobic) purple & green photoautotrophs2. Assimilatory sulfate reduction (SO4
-2→ organik S)3. Desulfurilasi (organic S decomposition → H2S)4. H2S oxidation (H2S → S°)
- Aerobic: Thiobacillus, Beggiotoa (chemolithotrophs).
- Anaerobic: Chlorobium, Chromatium
18
![Page 19: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/19.jpg)
5. Dissimilatory sulfate and Reduksi sulfite
SO4-2 or SO3
-2 → H2S:
(Jenis Desulfovibrio)6. Elemental Reduksi sulfur (S°→
H2S) Desulfuromonas, thermophilic archaea,
cyanobacteria di sedimen berkadar garam tinggi
19
![Page 20: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/20.jpg)
• Jenis m.o tanah lainnya dapat meningkatkan jumlah nutrien yang ada dalam tanah.
M.o yang mampu meningkatkan kesuburan tanah dan kontribusi pertumbuhan tanaman disebut : biofertilizer.
• Beberapa jenis m.o tanah telah diteliti mempunyai kemampuan menghasilkan senyawa (mis: vitamin dan hormon tanaman) yang dapat meningkatkan kualiatas tanaman dan membantu meningkatkan hasil budidaya tanaman. M.o ( disebut 'phytostimulators') saat ini sedang dipelajari untuk kemungkinan penggunaan sebagai mikroba untuk meningkatkan budidaya tanaman.
20
![Page 21: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/21.jpg)
Beberapa m.o tanah adalah patogenik terhadap tanaman. Sebagain besar sering ditemukan di dalam tanah dan beberapa dapat menginfeksi tanaman melalui akarnya.
21
![Page 22: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/22.jpg)
• Some native microorganisms present in the soil are antagonistic to the pathogens and can prevent the infection of crop plants –BIOPESTICIDE/BILOGICAL CONTROL:1.Competition for nutrients and/or production of inhibitory compounds such as secondary metabolites (antimicrobial metabolites and antibiotics) and extracellular enzymes.2.Other soil microorganisms produce compounds that stimulate the natural defense mechanisms of the plant and improve its resistance to pathogens.
22
![Page 23: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/23.jpg)
23
![Page 24: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/24.jpg)
• Bacteria:- Jumlah melimpah(109 sel/g tanah) tetapi banyak yang tidak dapat
dikultur. - Ada kelompok bakteria khusus yang berperan dalam siklus
biogeokimia.- Ekstra Polimer yang dihasilkan dapat membantu penikatan partikel
tanah menjadi agregat.
- Beberapa bakteri dapat bermanfaat atau bersifat pathogen terhadap tanaman. - Bersama dengan Fungi, lebih berperan sebagai dekomposer materi
organik.
24
![Page 25: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/25.jpg)
Proportion of different soil microorganisms in soilProportion of different soil microorganisms in soil
25
![Page 26: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/26.jpg)
Microbial number and biomass in cultivated field soil ( 15 cm)
Microbes Numbers / g Biomass (g / m3)
Bacteria 108 160
Fungi 105 200
Actinomycetes 105 - 106 160
Algae 104 - 105 32
Protozoa 104 38
26
![Page 27: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/27.jpg)
Agrobacterium Alcaligenes
Arthrobacter Bacillus
Caulobacter Cellulomonas
Clostridium Corynebacterium
Flavobacterium Micrococcus
Mycobacterium Pseudomonas
Staphylcoccus
Main types of soil microorganisms
27
![Page 28: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/28.jpg)
Bacillus sp
Actinomycetes sp. Rhizobium sp.
Pseudomonas aeroginosa
28
![Page 29: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/29.jpg)
29
![Page 30: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/30.jpg)
• Actinomycetes:- Prokariot yang berfilamen.- Berperan dalam dekomposisi materi
organik kompleks.- Menghasilkan metabolite sekunder,
mis., antibiotics, geosmins (earth
odor)yang memberikan karakter bau tanah yang berbeda.
30
![Page 31: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/31.jpg)
• Fungi:- Komponen utama dari of biomassa m.o di tanah. - Pelaku utama dalam dekomposisi materi organik.- Pertumbuhan hyphal membantu ikatan helps
partikel tanah menjadi bentuk aggregat yang
stabil.- Beberapa bersimbiosa dengan akar tanaman:
umumnya bersifat pathogen pada tanaman. - Symbiontant yang menguntungkan dapat
meningkatkan nutrient dan mengurangi timbulnya penyakit.
31
![Page 32: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/32.jpg)
32
![Page 33: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/33.jpg)
• Protozoa:- Predators utama bakteri tanah.- Aktivitas makannya dapat
mempercepat dekomposisi materi organik di tanah.
- Sangat melimpah di permukaan
tanah dari saluran drainase.- Ada + 250 species berbeda di
tanah.
33
![Page 34: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/34.jpg)
Cyanobacteria & algae (green algae, diatoms):
- Photoautotrophs, bentuk algal permukaan
yang penting dalam retensi H2O.
- Beberapa cyanobacteria sebagai free- living dan symbiotic fiksasi N2
34
![Page 35: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/35.jpg)
35
![Page 36: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/36.jpg)
36
![Page 37: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/37.jpg)
• Menggunakan analisis 5S and 16S rRNA sekuens gen.
• Dapat digunakan untuk studi mikroba yang tidak dapat dikultur.
• Alasan utama:- Tidak dapat dikultur – secara nutrisi
dan fisiologis.
- Kultur alam tidak dapat merefleksikan perilaku alami.
37
![Page 38: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/38.jpg)
38
![Page 39: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/39.jpg)
39
![Page 40: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/40.jpg)
Thermus aquaticus grows in boiling water in
Yellowstone National Park
Deinococcus radioduransgrows in microwave ovens and on space ships
40
![Page 41: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/41.jpg)
41
![Page 42: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/42.jpg)
Bugs eat diverse organic material– Humans eat sugar, fat, and protein– Bugs eat sugar, fat, protein, and anything else they can find…
Some key concepts include:– “Parent” material– “Daughter” products– “Fortuitous” metabolism
42
![Page 43: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/43.jpg)
Bugs breath diverse materials – Humans breath oxygen – Bugs breath oxygen, nitrate, sulfate,iron,
arsenic, uranium, and anything else they can find…
Some key concepts include: – Breathing metals changes their solubility making them either precipitate or dissolve
in water
43
![Page 44: Mikrobiologi Tanah](https://reader033.vdokumen.com/reader033/viewer/2022061516/56814c97550346895db9a8da/html5/thumbnails/44.jpg)
A single colony of microorganism weighs only
10-12 µgrams A single microorganism can reproduce
every fifteen minutes Thus, one microorganism can grow into the
mass of the Earth in less than three days!
44