Permasalahan yang sering ditimbulkan dengan dijadikannya kawasan mangrove sebagai tempat wisata adalah banyaknya sampah yang diakibatkan oleh para pengunjung tempat wisata tersebut. Sampah merupakan masalah kompleks dari setiap objek wisata tetapi sampai saat ini belum ada solusi yang efektif untuk mengatasi masalah ini. kewajiban menjaga kebersihan di kawasan mangrove menjaga tanggung jawab bersama antara pengunjung dengan pengelola. Bagi para pegunjung hendak turut serta menjaga kebersihan dengan tidak membuang sampah sembarangan.Sebaiknya kawasan mangrove tidak hanya sebagai tempat pariwisata saja tetapi sebagai kawasan eduekowisata. Disana para pengunjung dapat melihat berbagai macam flora fauna yang memiliki habitat di kawasan ekosistem mangrove. Salah satu fauna yang dapat dilihat dan ditemui di kawasan mangrove adalah ikan glodog. Selain itu pengelola kawasan eduekowisata mangrove harus mempunyai niat yang sungguh-sungguh untuk mengelola kawasan tersebut agar tetap terjaganya kelestarian flora dan fauna yang mempunyai habitat di kawasan mangrove.Keuntungan yang diperoleh dengan adanya tanaman mangrove adalah lahan pantai menjadi lebih landai dan lebih aman untuk berenang. Hal ini dapat membantu para wisatawan yang berwisata di pantai agar dapat bermain air dengan lebih aman.Bagi masyarakat daerah sekitar dapat memanfaatkan tanaman mangrove yang sudah tua dengan mengambil kayunya sebagai kayu bakar. Selain itu kegiatan tebang pilih tanaman mangrove berfungsi untuk melakukan regenerasi tanaman mangrove itu sendiri.Penanaman tanaman mangrove sebaiknya memperhatikan unsur estetika agar lebih enak dipandang mata. Contohnya seperti di Taman Nasional Baluran tanaman mangrove ditanam ditepi-tepi pantai dengan menyisakan ruang kosong di tengah pantai yang dapat digunakan para wisatawan untuk berenang.