Analisis Teknik dari Teknologi DNA Origami

Analisis Teknik dari Teknologi DNA OrigamiMuhammad Bagus Santoso11/319736/TK/38853Apa itu DNA?

DNA adalah sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama penyusun berat kering setiap organisme. DNA memiliki struktur yang terdiri dari 2 utas polinukleotida yang saling melingkari satu sama lain, dan membentuk heliks ganda dengan arah putar ke kanan.Satu nukleotida tersusun dari tiga komponen, yakni gula pentosa,pophat, dan basa nitrogen.

DNA OrigamiDNA origami prinsip dasarnya adalah untaian tunggal DNA dari bakteriophage scaffold strand yang dilipat/dilem dengan menggunakan untaian DNA yang lebih pendek staple-strand oligonucleotide dan akan menghasilkan bentuk yang diinginkan (2D atau 3D)

Scaffold StrandScaffold strand bisa dikatakan untaian single dari DNA yang nantinya akan dilipat/dilem sehingga menghasilkan bentuk yang diinginkan .Scaffold strand sendiri berasal dari virus yang menyerang bakteri atau bakteriofage (m13mp18) yang memiliki untaian DNA tunggal

Scaffold atau single strand atau untaian tunggal itu ternyata berasal dari bakteriofage

Staple strandStaple strand adalah untaian yang lebih pendek yang digunakan untuk mengikat scaffold pada titik tertentu sehingga menjadi bentuk yang diinginkan.Staple strand yang digunakan adalah oligonukleotida. Oligonukleotida sendiri merupakan seberkas pendek polimer nukleotida (DNA atau RNA) yang sering digunakan sebagai primer atau sebagai penuntun probe pada analisis deteksi dalam biologi molekuler.Ukurannya biasanya antara 5 sampai 20basa N(biasa ditulis 10-mer untuk oligo dengan 10 basa, "-mer" kependekan dari "primer").Video Scaffold dan Staple

Analisis

Step 5 : Run Molecular Self-Assembly Reaction

Kenapa campurannya dimulai dari suhu 90 celcius (paper acuan)?Pada proses ini terjadi self assembly, dimana self assembly bisa terjadi ketika free energy turun atau bisa dikatakan perubahan energy yang bernilai negatif menguntungkan dalam proses self-assemblyUntuk lebih jelasnya dalam proses self assembly dan hubungannya dengan free energy dengan entropy digambarkan dalam grafik energy lanskap seperti dibawah ini.

Free Energy Landscape

KesimpulanDna origami bisa terbentuk karena efek dari self-assembly sehingga terjadi ikatan antara scaffold dan staple strand kemudian didukung dengan kondisi free energi yang turun nilainya.