deteksi mungbean yellow mosaic virus (mymv) pada tanaman

DETEKSI Mungbean Yellow Mosaic Virus (MYMV)

PADA TANAMAN KACANG PANJANG (Vigna sinensis

L.) DAN GULMA MENGGUNAKAN METODE

Polymerase Chain Reaction (PCR)

SKRIPSI

Oleh

I GUSTI PUTU EKA SAPUTRA

NIM. 1105105024

KONSENTRASI PERLINDUNGAN TANAMAN

PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN

UNIVERSITAS UDAYANA

2015

i





SKRIPSI

Skripsi ini diajukan sebagai salah satu syarat untuk memperoleh

gelar Sarjana Pertanian pada Fakultas Pertanian Universitas Udayana

Oleh

I Gusti Putu Eka Saputra

NIM. 1105105024

KONSENTRASI PERLINDUNGAN TANAMAN

PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN

UNIVERSITAS UDAYANA

2015

ii

PERNYATAAN KEASLIAN KARYA SKRIPSI

Dengan ini saya menyatakan bahwa dalam skripsi ini tidak terdapat karya

yang pernah diajukan untuk memperoleh gelar kesarjanaan di suatu perguruan

tinggi, dan sepanjang pengetahuan saya juga tidak terdapat karya atau pendapat

yang pernah ditulis atau diterbitkan oleh orang lain, kecuali yang secara tertulis

diacu dalam naskah ini dan disebutkan dalam daftar pustaka. Saya bersedia

dikenakan sanksi sebagaimana diatur dalam aturan yang berlaku apabila terbukti

bahwa skripsi ini bukan hasil karya saya sendiri atau mengandung tindakan

plagiarism.

Demikian pernyataan ini dibuat dengan sebenarnya untuk dapat

dipergunakan seperlunya.

Denpasar, 16 Desember 2015

Yang menyatakan,

I Gusti Putu Eka Saputra NIM. 1105015024

iii

ABSTRAK I Gusti Putu Eka Saputra. NIM 1105105024. DETEKSI Mungbean Yellow Mosaic Virus (MYMV) PADA TANAMAN KACANG PANJANG (Vigna sinensis L.) DAN GULMA MENGGUNAKAN METODE Polymerase Chain Reactin (PCR). Dibimbing oleh: I Putu Sudiarta, SP., M.Si, Ph.D. dan Trisna Agung Phabiola, SP., M.Si.

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keberadaan Mungbean Yellow Mosaic Virus (MYMV) pada tanaman kacang panjang dan gulma yang ada di desa Mambal Kecamatan Abiansemal, Kabupaten Badung, Bali. Penelitian ini terdiri atas tiga kegiatan, yaitu : 1. Pengamatan gejala tanaman kacang panjang dan gulma yang diduga terinfeksi virus Mungbean Yellow Mosaic Virus (MYMV) dilapangan; 2. Pengambilan sampel tanaman yang menunjukkan gejala terinfeksi Mungbean Yellow Mosaic Virus (MYMV); 3. Deteksi virus pada tanaman sampel dengan metode PCR. Hasil penelitian membuktikan bahwa sampel tanaman kacang panjang, dan beberapa gulma yang berada pada daerah pertanaman kacang panjang dapat menjadi inang alternatif MYMV, hal ini dapat dilihat dari tanaman yang menunjukkan gejala kuning yang diduga terinfeksi MYMV, setelah dilakukan deteksi dengan teknik PCR tanaman tersebut positif terinfeksi MYMV. Hal tersebut ditunjukkan dengan hasil amplifikasi DNA target dengan panjang 238 bp sesuai dengan primer spesifik yang digunakan. Kata kunci : gulma, kacang panjang, kisaran inang alternative, mungbean yellow mosaic virus.

iv

ABSTRACK I Gusti Putu Eka Saputra. NIM 1105105024. DETECTION of Mungbean Yellow Mosaic Virus (MYMV) ON YARD LONG BEAN (Vigna sinensis L.) AND WEEDS USING Polymerase Chain Reaction (PCR) METHOD. Guided by: I Putu Sudiarta, SP., M.Si, Ph.D. and Trisna Agung Phabiola, SP., M.Si. The study was to detect Mungbean Yellow Mosaic Virus (MYMV) in yard long bean and some weeds in Mambal village Abiansemal district, Badung regency, Bali. This research consists of three activities, are : 1. Determining the symptom of Mungbean Yellow Mosaic Virus (MYMV) disease areas on yard long bean and weeds ; 2. Sampling symptomatic plants infected Mungbean Yellow Mosaic Virus (MYMV); 3. Detection virus on sample with PCR method.

Research result show the plant and weeds were in the planting area were predicted infected by MYMV, it can be seen from the plants which show symptoms yellow allegedly infected MYMV, after detected by PCR, some plants were positif infected by MYMV. The band of DNA was appropriate length 238 bp, in according with specific primers used. Keyword : alternatif range host, mungbean yellow mosaic virus, weeds, yard long bean.

v

RINGKASAN

Kacang panjang (Vigna sinensis L.) merupakan salah satu tanaman yang

sering di budidayakan di Indonesia. Tanaman kacang panjang mempunyai sebutan

lain seperti kacang lanjaran (Jawa), kacang turus (Pasundan), taukok (Cina), sitao

(Philipina), kacang belut (Malaysia), paythenki, yardlong bean dan asparagus

bean. Kacang panjang merupakan tanaman semusim yang berbentuk perdu,

bersifat memanjat dengan membelit.

Namun produksi kacang panjang di Indonesia masih rendah hal ini dapat

disebabkan oleh banyak faktor, diantaranya hama dan penyakit. Dalam hal ini

penyakit yang menyerang tanaman kacang panjang dan sulit untuk diatasi adalah

penyakit yang disebabkan oleh virus, salah satunya adalah Mungbean Yellow

Mosaic Virus (MYMV).

Infeksi dari virus tersebut dapat dilihat pada daun yang berada di pucuk

tanaman dengan timbulnya gejala kuning dan diikuti dengan urat daun berwarna

kuning (vein clearing), hingga menyebabkan perubahan bentuk daun

(malformasi). Penyakit ini sangat perlu di perhatikan karena apabila tidak di

tanggulangi secara baik dan benar dapat menurunkan hasil tanaman secara

signifikan karena virus ini mengganggu produktifitas tanaman. Selain kacang

panjang yang menjadi inang utama dari virus ini, terdapat beberapa inang

alternatif yang dapat menjadi tempat virus ini bertahan selama tanaman inang

utamanya tidak ada dilahan. Hal ini dapat dilihat dari keidentikan gejala antara

inang utama dan inang alternatif tersebut. Inang alternatif ini lah yang perlu di

waspadai guna mengendalikan penyebaran virus tersebut.

Pengamatan gejala kuning di lapangan dan pengambilan sampel dilakukan

di beberapa wilayah sentra penanaman tanaman kacang panjang, yang diamati

selama di lapangan adalah tanaman kacang panjang dan gulma yang menunjukkan

gejala terinfeksi virus MYMV. Selanjutnya sampel yang menunjukkan gejala

tersebut diidentifikasi untuk mengetahui keberadaan virus tersebut di tanaman

dengan metode PCR.

Hasil penelitian membuktikan bahwa tanaman kacang panjang dan gulma

yang memiliki gejala yang identik seperti terinfeksi MYMV yaitu dengan

vi

menguningnya daun pada pucuk tanaman, memudarnya warna tulang daun (Vein

clearing) hingga berubahnya bentuk daun. Adalah positif terinfeksi MYMV

berdasarkan hasil amplifikasi PCR dengan panjang basa 238 bp.

vii






NIM. 1105105024

Menyetujui,

Pembimbing I Pembimbing II

I Putu Sudiarta, SP., M.Si, Ph.D Trisna Agung Phabiola, SP., M.Si. NIP. 19791107 200501 1 002 NIP. 19741012 200801 2 005

Mengesahkan,

Dekan Fakultas Pertanian

Universitas Udayana

Prof. Dr. Ir. I Nyoman Rai, M.S. NIP. 19630515 198803 1 001

Tanggal Lulus : 16 Desember 2015

viii





Dipersiapkan dan diajukan oleh


NIM. 1105105024

Telah diuji dan dinilai oleh Tim Penguji

pada tanggal 16 Desember 2015

Berdasarkan SK Dekan Fakultas Pertanian Universitas Udayana

No. : 2428/UN14.1.23/DL/2015

Tanggal : 10 Desember 2015

Tim Penguji Skripsi adalah:

Ketua : Prof. Dr. Ir. I Made Sudarma, M.S.

Anggota : 1. Ir. Wayan Adiartayasa, M.Si.

2. Ir. Ni Wayan Suniti, M.S.

ix

RIWAYAT HIDUP

Penulis bernama I Gusti Putu Eka Saputra, lahir

pada tanggal 12 November 1993 di Denpasar. Penulis

merupakan anak pertama dari pasangan I Gusti Putu

Suyasa, SH dan Anak Agung Ayu Dewi Suari, SH.

Penulis mengawali jenjang pendidikan di SD

Negeri 1 Padang Sambian pada tahun 1998 dan lulus

pada tahun 2005. Pendidikan Sekolah Menengah

Pertama diselesaikan di SMP PGRI 5 Denpasar pada

tahun 2008. Pendidikan Sekolah Menengah Atas diselesaikan di SMA PGRI 2

Denpasar pada tahun 2011. Penulis kemudian melanjutkan pendidikan di Program

S1 Fakultas Pertanian Universitas Udayana.

Selama menjadi mahasiswa, penulis aktif dalam kepengurusan Himpunan

Mahasiswa Agroekoteknologi (HIMAGROTEK) Fakultas Pertanian Universitas

Udayana untuk satu periode dari tahun 2012 sampai 2013 dan Badan Eksekutif

Mahasiswa (BEM) Fakultas Pertanian Universitas Udayana selama satu periode

dari tahun 2013 sampai 2014.

x

KATA PENGANTAR

Puji syukur penulis ucapkan kepada Tuhan Yang Maha Esa atas segala berkat dan

rahmat-Nya sehingga penulisan skripsi yang berjudul DETEKSI Mungbean

Yellow Mosaic Virus (MYMV) PADA TANAMAN KACANG PANJANG

(Vigna sinensis L.) DAN GULMA MENGGUNAKAN METODE Polymerase

Chain Reaction (PCR) ini dapat terselesaikan.

Skripsi ini disusun sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar

Sarjana Pertanian pada Fakultas Pertanian Universitas Udayana. Pada kesempatan

ini penulis mengucapkan terima kasih kepada:

1. Prof. Dr. Ir. I Nyoman Rai, M.S., selaku Dekan Fakultas Pertanian

Universitas Udayana beserta staf, atas segala fasilitas dan kelancaran

administrasi.

2. Ir. I Nyoman Puja, M.S., selaku Ketua program Studi Agroekoteknologi

Fakultas Pertanian Universitas Udayana, atas segala fasilitas dan

kemudahan yang diberikan kepada penulis selama penelitian dan

penulisan skripsi ini.

3. I Putu Sudiarta, SP., M.Si, Ph.D selaku pembimbing I dan Trisna Agung

Phabiola, SP., M.Si. selaku pembimbing II atas segala nasehat dan

kesabaran dalam membimbing serta meluangkan waktu untuk membantu

penyelesaian penulisan skripsi ini.

4. Prof. Dr. Ir. I Made Sudarma, MS., Ir. Ni Wayan Suniti, MS. dan Ir.

Wayan Adiartayasa, M.Si., selaku tim pembahas atas segala masukan

dalam penyelesaian skripsi ini.

5. Bapak Dr. Ir. Gede Suastika, M.Sc yang senantiasa memberikan

bimbingan dan fasilitas dalam pelaksanaan dan penulisan skripsi ini.

6. Ir. I Gusti Alit Gunadi, MS. selaku Pembimbing Akademik atas segala

kemudahan, pengarahan, dan bimbingannya.

7. Seluruh staf dosen dan pegawai di Fakultas Pertanian Universitas Udayana

atas segala ilmu dan pelayanan administrasi yang diberikan selama penulis

menjalani studi di Fakultas Pertanian Universitas Udayana.

xi

8. Kepada kedua orang tua yang senantiasa memberikan dorongan dalam

menyelesaikan tugas akhir.

9. Teman-teman mahasiswa Agroekoteknologi angkatan 2011 dan teman

Klimat bersatu yang senantiasa mendukung dan memotivasi dalam

penulisan tugas akhir ini.

10. Beberapa petani pengelola lahan pertanaman kacang panjang di Desa

Mambal yang tidak mungkin penulis lupakan karena jasa beliau yang

sangat membantu saat pengamatan di lapangan.

11. Teman teman di HIMAGROTEK dan BEM Fakultas Pertanian Universitas

Udayana. Serta semua pihak yang tidak bisa penulis sebutkan satu persatu

karena telah memberikan dukungan, motivasi, dan membantu pelaksanaan

penelitian serta penyelesaian skripsi ini.

Penulis menyadari bahwa penulisan skripsi ini belum sempurna, oleh

karena itu, segala masukan yang bersifat membangun sangat diharapkan untuk

dijadikan tuntunan ke arah kesempurnaan. Akhir kata, semoga skripsi ini

bermanfaat bagi kita semua.

Denpasar, 16 Desember 2015

I Gust Putu Eka Saputra

xii

DAFTAR ISI

Halaman SAMPUL DALAM……………………………………………………..... i

PERNYATAAN KEASLIAN KARYA SKRIPSI ..……………………. ii

ABSTRAK ……………………………………………………………… iii

ABSTRACT ……………………………………………………………… iv

RINGKASAN …………………………………………………………… v

HALAMAN PERSETUJUAN ………………………………………… vii

TIM PENGUJI …………………………………………………………. viii

RIWAYAT HIDUP …………………………………………………...…. ix

KATA PENGANTAR……………………………………………………. x

DAFTAR ISI…..…………………………………………………………. xii

DAFTAR TABEL………………………………………………………… `xiv

DAFTAR GAMBAR …………………………………………………… xv

I. PENDAHULUAN ………………………………………………… 1

1.1 Latar Belakang ……………………………………….………… 1 1.2 Rumusan Masalah ……………………………………………. 4 1.3 Tujuan Penelitian …………………………….………………… 4 1.4 Hipotesis ……………………………………………………… 4

II. TINJAUAN PUSTAKA ………………………………….………… 5

2.1 Klasifikasi dan Budidaya Kacang Panjang ……………………… 5 2.2 Mungbean Yellow Mosaic Virus (MYMV) …………..……..….. 7

2.2.1 Vektor geminivirus ………………………………….……. 8 2.2.2 Kisaran inang geminivirus………………………………... . 9 2.2.3Gejala infeksi Mungbean Yellow Mosaic Virus

(MYMV)………………..…………………………..…...... 9 2.3 Polymerase Chain Reaction ( PCR ) …………………………...... 10

III. METODE PENELITIAN ………………………………………… 13

3.1 Waktu dan Tempat Penelitian …………………………………. 13 3.2 Alat dan Bahan ..…... ………………………………………… 13

3.3 Pelaksanaan Penelitian ………………………………….……... 14 3.3.1 Pengamatan gejala tanaman kacang panjang dan gulma

yang diduga terinfeksi Mungbean Yellow Mosaic Virus (MYMV)………………………………………….……. 14

3.3.2 Pengambilan sampel tanaman yang menunjukkan gejala terinfeksi Mungbean Yellow Mosaic Virus (MYMV)………………………………………..…....… 14

xiii

3.3.3 Deteksi MYMV pada tanaman kacang panjang, dan gulma menggunakan metode PCR…………….………………. 15

3.3.3.1 Ekstraksi DNA total tanaman………………………… 15 3.3.3.2 Amplifikasi DNA…………………………….……..... 16 3.3.3.3 Visualisai hasil PCR………………………………..… 17

IV. HASIL DAN PEMBAHASAN …………………………………..... 18

4.1 Pengamatan gejala morfologi tanaman kacang panjang dan gulma ……………….………………………………………..... 18

4.2 Deteksi Mungbean Yellow Mosaic Virus (MYMV) pada tanaman kacang panjang dan gulma dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR)…………….......………..… 22

V. KESIMPULAN DAN SARAN ……………………………….…… 25

5.1 Kesimpulan …………………………………………………. 25 5.2 Saran ……………………………………………………….... 25

VI. DAFTAR PUSTAKA ………………………………………………. 26

-

xiv

DAFTAR TABEL

Nomor Teks Halaman

4.1 Tanaman yang diamati diduga terinfeksi virus Mungbean Yellow

Mosaic Virus (MYMV)……………….................................................. 18

xv

DAFTAR GAMBAR

Nomor Teks Halaman

4.1 Variasi gejala infeksi Mungbean Yellow Mosaic Virus (MYMV)

pada tanaman kacang panjang……………............................................ 19

4.2 Variasi gejala infeksi Mungbean Yellow Mosaic Virus (MYMV) pada

tanaman kacang panjang dan gulma…………..……………………… 20

4.3 Hasil visualisasi PCR………..………………………………………… 23

deteksi mungbean yellow mosaic virus (mymv) pada tanaman

Documents