DASAR-DASAR DIAGNOSTIKMIKROBIOLOGI KLINIK

M.SABIRBAGIAN MIKROBIOLOGI

FKIK-UNTAD

TERAPI TEPAT

PENYAKIT INFEKSIDIAGNOSE TEPAT

PENGENDALIAN

DIAGNOSE TEPAT PENYAKIT INFEKSI

KLINIK RADIOLOGI

DIAGNOSE LABORATORIUM

P.A. MIKROBIOLOGI P.K.

DIAGNOSE MIKROBIOLOGI TEPAT

SPECIMENTepat

METHODESpesifikSensitif

ALAT/REAGENSIATeruji

SDMTerlatih

Berdedikas i tinggi

SPECIMEN BAIK- Tepat bahan- Tepat waktu pengambilan- Tepat lokasi pengambilan- Tepat cara pengambilan- Tepat cara simpan dan transportasi - Tepat jumlah

PENGAMBILAN SPECIMEN1. CARA Steril : lokasi pengambilan, alat untuk mengambil, wadah2. WAKTU

sebelum terapi antibiotic pd stad peny ttt dimana mikroba penyebab bisa

ditemukan. tifoid : isolasi Salmonella dari darah → mg pertama

penyakit furunkel: matang, atau pada saat insisi Sewaktu, pagi hari, atau dikumpulkan 24 jam

3. LOKASI kemungkinan ditemukan penyebab : paling jelek paling dalam

4. JUMLAH : sesuai kebutuhan.

PENYIMPANAN SPECIMEN

Wadah: steril dan bisa ditutup rapat (botol bertutup sekrup).

Waktu penyimpanan : harus segera diproses, tdk boleh lebih dari 24 jam.

Temperatur : tergantung bakteri yg dicurigai : 4oC, suhu kamar.

Bl perlu : medium transport

TRANSPORTASI SPECIMEN Harus dalam lingkungan yang cocok

untuk bakteri yang dicurigai. - med. Transport - Suhu kamar /termos berisi es Wadah tidak boleh dibawa dengan tangan

telanjang. Jarak jauh : “ BERISI BAHAN YG

MENGANDUNG PENYEBAB PENYAKIT “.

IDENTIFIKASI BAKTERIOLOGIS

SPECIMEN

BAKTERI MAKROMOLEKUL

Preparat langsung

Botol/med.transpor

Ag Ab DNA

Mikroskopis Isolasi

A. Pemeriksaan Mikroskopis

SPECIMEN

PREPARAT LANGSUNG

PREPARAT BASAH PEWARNAAN

G R A M TAHAN ASAM FLUORESCENCE

Preparat langsung1. Preparat basah - morfologi - gerakan 2. Preparat diwarnai a. Gram: morfologi, sifat Gram b. Tahan asam: morfologi, sifat TA c. Fluorescence: me↑ sensitivitas

Pewarnaan Gram

Pewarnaan Tahan Asam

Pewarnaan Fluorescence

DahakDahak atau atau sputumsputum adalah mukus yang keluar adalah mukus yang keluar saat batuk dari saluran pernapasan atas.saat batuk dari saluran pernapasan atas.

Dalam dunia kedokteran, sampel dahak biasanya Dalam dunia kedokteran, sampel dahak biasanya digunakan untuk investigasi mikrobiologi digunakan untuk investigasi mikrobiologi infeksi pernapasan dan investigasi sitologi infeksi pernapasan dan investigasi sitologi sistem pernapasan.sistem pernapasan.

SSputum merupakan bahan yang digunakan sebagai putum merupakan bahan yang digunakan sebagai salah satu sampel pemeriksaan laboratorium salah satu sampel pemeriksaan laboratorium untuk mendiagnosa berbagai macam penyakit untuk mendiagnosa berbagai macam penyakit tertentu.tertentu.

Pemeriksaan sputum merupakan salah satu Pemeriksaan sputum merupakan salah satu pemeriksaan utama khususnya untuk penyakit di pemeriksaan utama khususnya untuk penyakit di paru-paru dan sekitarnya yang dapat dideteksi paru-paru dan sekitarnya yang dapat dideteksi dengan sputum.dengan sputum.

Sampel dahak terbaik adalah yang mengandung Sampel dahak terbaik adalah yang mengandung sangat sedikit saliva atau air liur,sangat sedikit saliva atau air liur, karena air liur karena air liur dapat mengontaminasi sampel dengan bakteri dapat mengontaminasi sampel dengan bakteri oral. oral.

Sampel kemudian diteliti oleh mikrobiologi klinis Sampel kemudian diteliti oleh mikrobiologi klinis dengan pewarnaan gram pada dahak. Lebih dari dengan pewarnaan gram pada dahak. Lebih dari 25 sel epitelia skuamosa 25 sel epitelia skuamosa menunjukkan menunjukkan kontaminasi saliva.kontaminasi saliva.

Klasifikasi sputum Klasifikasi sputum

Sputum yang dihasilkan sewaktu membersihkan Sputum yang dihasilkan sewaktu membersihkan tenggorokan, kemungkinan berasal dari sinus, tenggorokan, kemungkinan berasal dari sinus, atau atau rongga rongga hidung, bukan berasal dari saluran hidung, bukan berasal dari saluran napas bagian bawah.napas bagian bawah.

Sputum banyak dan purulen kemungkinan  proses Sputum banyak dan purulen kemungkinan  proses supuratif (eg. supuratif (eg. Abses paru)Abses paru)

Sputum yang terbentuk perlahan dan terus Sputum yang terbentuk perlahan dan terus meningkat kemungkinan tanda meningkat kemungkinan tanda bronkhitis/ bronkhitis/ bronkhiektasis.bronkhiektasis.

Sputum kekuning-kuningan kemungkinan proses Sputum kekuning-kuningan kemungkinan proses infeksi.infeksi.

Sputum hijau kemungkinan proses penimbunan Sputum hijau kemungkinan proses penimbunan nanah. Warna hijau ini dikarenakan adanya nanah. Warna hijau ini dikarenakan adanya verdoperoksidase yg dihasikan oleh PMN dalam verdoperoksidase yg dihasikan oleh PMN dalam sputum. sputum. Ditemukan Ditemukan pada Bpada Bronkhiektasisronkhiektasis

Sputum merah muda dan berbusa kemungkinan Sputum merah muda dan berbusa kemungkinan tanda tanda edema paru akutedema paru akut..

Sputum berlendir, lekat, abu-abu/putih Sputum berlendir, lekat, abu-abu/putih kemungkinan tanda bronkitis kronik.kemungkinan tanda bronkitis kronik.

Sputum berbau busuk kemungkinan tanda abses Sputum berbau busuk kemungkinan tanda abses paru/ bronkhiektasis. (Price Wilson)paru/ bronkhiektasis. (Price Wilson)

• Sputum berlendir, lekat, abu-abu/putih kemungkinan tanda bronkitis kronik.

• Sputum berbau busuk kemungkinan tanda abses paru/ bronkhiektasis.

Jenis Pemeriksaan Sputum Jenis Pemeriksaan Sputum 1)      Pewarna gram :1)      Pewarna gram :

Pemeriksaaan dengan pewarnaan gram dapat memberikan Pemeriksaaan dengan pewarnaan gram dapat memberikan informasi tentang jenis mikroorganisme untuk menegakkan informasi tentang jenis mikroorganisme untuk menegakkan diagnosis presumatif.diagnosis presumatif.

2)      Kultur Sputum :2)      Kultur Sputum :Pemeriksaan kultur sputum dilakukan untuk mengidentifikasi Pemeriksaan kultur sputum dilakukan untuk mengidentifikasi organisme spesifik guna menegakkan diagnosis definitif.organisme spesifik guna menegakkan diagnosis definitif.

3)      Sensitivitas :3)      Sensitivitas :Pemeriksaan sensitivitas berfungsi sebagai pedoman terapi Pemeriksaan sensitivitas berfungsi sebagai pedoman terapi antibiotik dengan mengidentifikasi antibiotik yang mencegah antibiotik dengan mengidentifikasi antibiotik yang mencegah pertumbuhan organisme yang terdapat dalam sputum.pertumbuhan organisme yang terdapat dalam sputum.

4)      Basil tahan asam (BTA) :4)      Basil tahan asam (BTA) :Pemeriksaan BTA dilakukan untuk menentukan adanya Pemeriksaan BTA dilakukan untuk menentukan adanya Mycobacterium tuberculosaMycobacterium tuberculosa, yang setelah dilakukan pewarnaan , yang setelah dilakukan pewarnaan bakteri ini tidak mengalami perubahan warna oleh alkohol asambakteri ini tidak mengalami perubahan warna oleh alkohol asam

5)      Sitologi :5)      Sitologi :Pemeriksaan sitologi ditujukan untuk mengidentifikasi adanya Pemeriksaan sitologi ditujukan untuk mengidentifikasi adanya keganasan (karsinoma) pada paru-paru. Sputum mengandung keganasan (karsinoma) pada paru-paru. Sputum mengandung runtuhan sel dari percabangan trakheobronkhial; sehingga runtuhan sel dari percabangan trakheobronkhial; sehingga mungkin saja terdapat sel-sel malignan. Sel-sel malignan mungkin saja terdapat sel-sel malignan. Sel-sel malignan menunjukkan adanya karsinoma, tidak terdapatnya sel ini bukan menunjukkan adanya karsinoma, tidak terdapatnya sel ini bukan berarti tidak adanya tumor atau tumor yang terdapat tidak berarti tidak adanya tumor atau tumor yang terdapat tidak meruntuhkan sel.meruntuhkan sel.

6)      Tes Kuantitatif :6)      Tes Kuantitatif :Pengumpulan sputum selama 24 sampai 72 jam. Pemeriksaan Pengumpulan sputum selama 24 sampai 72 jam. Pemeriksaan kualitatif harus sering dilakukan untuk menentukan apakah kualitatif harus sering dilakukan untuk menentukan apakah sekresi merupakan saliva, lendir, pus, atau bukan. sekresi merupakan saliva, lendir, pus, atau bukan.

Untuk pemeriksaan kualitatif, diberikan wadah khusus untuk Untuk pemeriksaan kualitatif, diberikan wadah khusus untuk mengeluarkan sekret. Wadah ini ditimbang pada akhir 24 jam. mengeluarkan sekret. Wadah ini ditimbang pada akhir 24 jam. Jumlah serta karakter isinya dicatat dan diuraikanJumlah serta karakter isinya dicatat dan diuraikan

Mochammad Hatta (2006) Mochammad Hatta (2006)

PEWARNAAN Ziehl Neelsen SEBELUM PEWARNAAN Ziehl Neelsen SEBELUM DEKONTAMINASIDEKONTAMINASI

KOMPOSISI LAR. KOMPOSISI LAR. DEKONTAMINASIDEKONTAMINASI

N ASETIL L SYSTEIN, NaOH 4%, N ASETIL L SYSTEIN, NaOH 4%, Trinatrium sitrat 3H2O 2.94%, PBS (Ph 6.8), Trinatrium sitrat 3H2O 2.94%, PBS (Ph 6.8), dibuat fresh (tdk boleh lewat 24 jam)dibuat fresh (tdk boleh lewat 24 jam)

Cara pembuatan Cara pembuatan

Larutan dekontaminasi + sputumLarutan dekontaminasi + sputum Vorteks 10 detik (diamkan selama 15 menit)Vorteks 10 detik (diamkan selama 15 menit) Encerkan dengan PBS atau aquades sterilEncerkan dengan PBS atau aquades steril Sentrifus 3000 rpm selama 15 menitSentrifus 3000 rpm selama 15 menit Buang supernatan kemudian endapan ditambah 1 Buang supernatan kemudian endapan ditambah 1

ml PBS, vorteks selama 30 detikml PBS, vorteks selama 30 detik Buat sediaan preparat objek gelas, keringkan dan Buat sediaan preparat objek gelas, keringkan dan

fiksasifiksasi Endapan yang tersisa dapat dikulturEndapan yang tersisa dapat dikultur

Mochammad Hatta (2006) Mochammad Hatta (2006)

PEWARNAAN Ziehl Neelsen SESUDAH PEWARNAAN Ziehl Neelsen SESUDAH DEKONTAMINASIDEKONTAMINASI

TERIMA KASIHTERIMA KASIH

BIAKAN BAKTERI

SPECIMENBOTOL/MED. TRANSPOR

ENRICHMENT MEDIUM

SELECTIVE/DIFFERENTIAL MED

GRAMIdentifi-cation TES BK AG DNA Tes R

BIAKAN MURNI

Medium1. Transport medium = carrier medium2. Basic medium 3. Enriched medium4. Enrichment medium5. Selective medium6. Differential medium7. Special medium8. Anaerobic medium

Medium :lingkungan buatan yang dipakai untuk mempertahankan kehidupan dan mengembang-biakkan bakteri di luara tubuh inangKoloni : massa pertumbuhan bakteri di atas permukaan medium padat Koloni tersendiri (isolated colony):koloni yg terpisah, yg merupakan turunan dri satu sel bakteri.

Menanam pd medium padat

Koloni: massa pertumbuhan bakteri di atas medium

padat yg berasal dr satu sel bakteri

Terima kasihTerima kasih

B. Identifikasi dari biakan

1.1. Gambaran koloniGambaran koloni2.2. Gram: Morfologi & sifat GramGram: Morfologi & sifat Gram3.3. Gerakan pd medium padat atau semi-solidGerakan pd medium padat atau semi-solid4.4. Sifat-sifat biokimiaSifat-sifat biokimia5.5. Identifikasi makromolekul: Ag, Ab dan Identifikasi makromolekul: Ag, Ab dan

DNA/RNADNA/RNA

Gambaran koloni

1.1. Tepi dan bentukTepi dan bentuk2.2. Besar Besar 3.3. ElevasiElevasi4.4. KejernihanKejernihan5.5. Warna : pigmen, rx kimiaWarna : pigmen, rx kimia6.6. Hemolisis : Hemolisis : αα, ß, & , ß, & γγ

Gambaran koloni

Warna koloni : pigmen

Hemolisis ß & non-hemolisis

Buat biakan murni

Tes-tes biokimia1. Metabolisme KH - Tes peragian gula-gula, Tes VP-MR

2. Metabolisme protein - Tes indol

3. Metabolisme lemak (jarang)4. Penggunaan zat tertentu - Tes citrat

5.5. Dihasilkannya zat tertentuDihasilkannya zat tertentu - Tes katalase, tes koagulase- Tes katalase, tes koagulase

Tes Peragian gula-gula glukosa laktosa

Triple Sugar Iron Agar:Peragian gula-gula, pemecahan protein

Pemakaian Citrat sbgi sumber E tes citrat

Dihasilkan enzim DNAse test

Terima kasihTerima kasih

IDENTIFIKASI AG & ABPrinsip = reaksi ag-ab invitro:1. Reaksi agglutinasi2. Reaksi presipitasi & flokkulasi3. Reaksi ikatan komplemen4. Immuno-fluoresensi5. Radio-immuno assay (RIA)6. Enzyme linked immunosoebent assay (ELISA)7. Blotting immuno assay

Reaksi Agglutinasi

1. Agglutinasi dgn. Sel bakteri utuh : - Widal - Gol. Darah 2. Aggl. dgn Ag partikel halus = particle aggl. a. Agglutinasi lateks (deteksi bakteri) b. Koagglutinasi (deteksi bakteri) c. Agglutinasi partikel gelatin (MLPA) d. Hemagglutinasi (TPHA)

Particle agglutination Latex agglutination

Particle agglutinationCo-agglutination

Particle agglutinationHemagglutination

Reaksi Ikatan Komplemen

Reaksi presipitasi & flokkulasi

A. Tes flokkulasi - VDRL - RPRB. Tes presipitasi dlm gel 1. Immuno-double diffusion : deteksi Ag atau Ab. 2. Radial immunodiffusion: kualitatif & kuantitatif.

PrecipitationImmuno-double diffusion

PrecipitationRadial-immuno diffusion

ELISA (Enzym-linked immunosorbent Assay)

1. Solid phase ELISA a. Direct b. Indirect Kualitatif dan kuantitatif2. Membrane bound SPIA Lebih mudah & murah Kualitatif

Solid-fase ELISADirect & Indirect

DETEKSI DNA / RNADETEKSI DNA / RNA

1. Gen-Probe (Hibridisasi) - DNA tidak diperbanyak - banding PCR kurang sensitif2. Polymerase chain reaction (PCR) - DNA diperbanyak - sangat sensitif - Lebih mahal dari Gen-Probe

1. Gen-Probe (Hibridisasi)

2. Polymerase chain reaction (PCR)

Polimerisasi DNA