Ayo Ikut Kontribusi! Apa yang diperlukan agar skripsimu bisa jadi bagian dari data raksasa keanekaragaman hayati Indonesia

Primadieta dan Sabhrina Gita Aninta v.1 2019

1

Ikut Kontribusi

Mengapa Berbagi Data? Biodiverskripsi adalah sebuah kegiatan mengumpulkan data keanekaragaman hayati dari laporan penelitian akhir mahasiswa Indonesia. Kami ingin membuat data keanekaragaman hayati yang ada dalam skripsi/tesis/disertasi mahasiswa dapat diakses secara global dalam bentuk data perjumpaan spesies yang terstandar secara internasional. Data terintegratif semacam ini dapat digunakan untuk…

• …penelitian keanekaragaman hayati skala besar, semisal permodelan distribusi spesies, deteksi vektor penyakit, perubahan komposisi komunitas di lokasi tertentu, ekologi populasi, ekologi metapopulasi, studi fenologi, ekologi komunitas, dan banyak topik lainnya seputar keanekaragaman hayati.

• …mendeteksi seberapa jauh penelitian tentang keanekaragaman hayati yang telah dilakukan oleh universitas-universitas Indonesia dan meningkatkan kualitas perilaku ilmiah kita0

Dalam Biodiverskripsi, kami mengadakan sebuah penelitian nasional dengan satu pertanyaan besar: Bagaimana penelitian keanekaragaman hayati di Indonesia telah dilakukan di berbagai universitas di Indonesia? Untuk menjawab pertanyaan ini, kami mengundang beberapa universitas Indonesia untuk berkontribusi sebagai mitra, mempublikasikan data keanekaragaman hayati dalam skripsi, tesis, dan disertasi yang telah diterbitkan universitas tersebut ke Global Biodiversity Information Facility (GBIF). Publikasi dalam portal GBIF berarti…

• meningkatkan kontribusi Indonesia dalam perkembangan pengetahuan terkait keanekaragaman hayati secara global dengan meningkatkan akses komunitas internasional terhadap hasil-hasil penelitian Indonesia.

• meningkatkan visibilitas institusi pemilik data sehingga meningkatkan peluang munculnya kolaborasi penelitian internasional.

2

Bagaimana Biodiverskripsi Dilakukan? Saat ini, Indonesia tergabung dalam GBIF melalui Indonesian Biodiversity Information Facility (InaBIF) selaku bagian dari simpul GBIF yang dikelola oleh Pusat Penelitian Biologi, Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI). Biodiverskripsi bekerja sama dengan InaBIF untuk menjamin publikasi data keanekaragaman hayati yang telah dikumpulkan relawan Biodiverskripsi berlangsung dalam mekanisme yang aman dan memuaskan segala pihak.

Dalam inisiasi Biodiverskripsi, tim relawan Biodiverskripsi melakukan transkripsi terhadap naskah laporan penelitian mahasiswa yang mereka akses untuk membuat data keanekaragaman hayati yang ada dalam naskah laporan tersebut tersedia dalam bentuk yang terstandarisasi dan mudah digunakan untuk penelitian lanjutan. Data yang sudah ditranskripsi akan dibersihkan dulu oleh Tim Biodiverskripsi sebelum diunggah ke portal Biodiverskripsi agar dapat diakses oleh pengguna data yang memerlukan.

Data yang telah diunggah oleh tim Biodiverskripsi akan otomatis dipublikasikan di GBIF melalui InaBIF. Jadi, data hasil transkripsi yang telah memenuhi syarat akan muncul di portal GBIF sebagai bagian dari data raksasa biodiversitas internasional dan di portal Biodiverskripsi sebagai inisiasi pengumpulan data biodiversitas dari skripsi, tesis, dan disertasi mahasiswa.

Pembuatan Pangkalan Data Terstandar Internasional Untuk memungkinkan penggunaan data perjumpaan spesies dari berbagai sumber dalam penelitian skala besar, data-data ini harus dikumpulkan dalam suatu pangkalan data (database) mengikuti kerangka yang terstandar. Untuk membuat sebuah pangkalan data, data harus terlebih dahulu diambil/dikumpulkan, dibersihkan (standarisasi konten), lalu dipublikasikan dalam bentuk yang sesuai sebagaimana ditunjukkan dalam Gambar 1.

Gambar 1. Skema publikasi pangkalan data keanekaragaman hayati

Dalam suatu pangkalan data, ada kolom (column, field names) untuk mengelompokkan jenis informasi data, apakah karakter, angka, dan lain-lain. Deretan nama kolom menentukan apa yang dapat dimasukkan dalam sebuah set data. Struktur data paling sederhana melingkupi sel, baris, dan kolom, membentuk sebuah tabel (Gambar 2). Satu baris (row), dalam data perjumpaan spesies, memuat satu catatan (records) perjumpaan (occurrence). Atribut dari suatu catatan dapat mencakup nama ilmiah, lokasi geografis, kolektor, info taksonomi, dan lain-lain. Atribut harus ada dalam satu baris yang sama selama ia mendeskripsikan rekaman yang sama, sementara suatu kolom hanya boleh memuat satu jenis data untuk setiap baris rekaman.

Pengambilan data

Pembersihan data

Publikasi data

3

Gambar 2. Contoh struktur data

Sejumlah catatan dengan segala atributnya dapat membentuk suatu tabel yang memuat satu konsep, semisal data yang dikumpulkan dari suatu ekspedisi, atau data yang dikumpulkan dari sebuah pemantauan rutin. Dalam Biodiverskripsi, sebagai contoh, catatan-catatan perjumpaan akan diperoleh dari naskah laporan akhir mahasiswa seputar penelitian biodiversitas yang diterbitkan universitas pada periode 2000-2017.

Naskah laporan penelitian dari universitas yang berbeda umumnya menampilkan data dalam bentuk yang berbeda pula. Dengan demikian, informasi yang sama dapat disajikan dalam cara/istilah yang berbeda. Suatu standar diperlukan untuk memudahkan publikasi dan analisis data-data ini untuk lebih lanjut mudah digunakan dalam penelitian skala besar. Karena itu, Biodiverskripsi mengikuti standar yang ditetapkan dan banyak digunakan dalam komunitas peneliti keanekaragaman hayati internasional (Biodiversity Information Standards) yaitu Darwin Core Standards (DwC).

Tentang Darwin Core Standards (DwC) DwC adalah sebuah kerangka untuk berbagi informasi keanekaragaman hayati dari berbagai sumber, mulai dari koleksi museum sampai dengan hasil pengamatan komunitas di alam (citizen science). Data dapat dibagi dengan membuat sekumpulan dokumen yang diatur menurut format Darwin Core Archive (DwC-A, Gambar 3). DwC-A adalah paket dokumen dalam ekstensi .zip yang mengandung banyak dokumen yang saling terhubung satu sama lain dan memungkinkan pemilik data membagi data mereka menggunakan terminologi yang terstandar. Apa yang dimaksud dengan terminologi terstandar?

Ada banyak cara untuk menginformasikan nama spesies dalam tabel. Kolom yang memuat nama spesies dapat berjudul “nama jenis”, “nama spesies”, “spesies”, “nama ilmiah”, dan lain-lain. Menurut standar DwC, nama spesies diumumkan dalam kolom yang bernama “scientificName”. Dengan demikian, setiap informasi nama spesies akan terkumpul ke dalam satu kolom yang sama ketika diintegrasikan, tak peduli dari mana asal data. Berbagai terminologi yang digunakan untuk publikasi data dapat dilihat dalam panduan istilah DwC.

4

Kerangka semacam ini tak hanya memungkinkan penyederhanaan proses publikasi data, melainkan juga bagaimana data tersebut ditemukan, dicari, dan dievaluasi. Lebih banyak informasi tentang DwC dapat dilihat dalam panduan praktik DwC.

Gambar 3. Ilustrasi Darwin Core Archive

Istilah-istilah DwC dan jenis-jenis dokumen yang dapat dipublikasikan dengan format DwC ini umumnya dikelompokkan ke dalam suatu kelompok atau konsep, umumnya membentuk satu set DwC-A. Mengikuti format yang ditetapkan GBIF selaku pusat publikasi data keanekaragaman hayati internasional, data-data yang umum ditemukan dalam laporan penelitian keanekaragaman hayati mahasiswa Indonesia termasuk ke dalam kelompok sampling-event data atau kejadian pencuplikan. Ini adalah kelas data dengan kualitas paling tinggi karena tak hanya memuat daftar spesies (checklist) atau informasi perjumpaan di suatu lokasi dan waktu (occurrence), tapi juga bagaimana informasi tersebut dicuplik, berapa banyak perjumpaan dalam kejadian pencuplikan, bahkan sampai ke kuantitas organisme yang dicuplik.

Dalam satu konsep sampling event data, terdapat data perjumpaan (occurrences) yang berpusat pada kejadian (event) pencuplikan yang dideskripsikan dalam metadata sehingga dokumen-dokumen DwC-A untuk satu set sampling event data terdiri dari setidaknya Sampling Event, Occurrences, dan Metadata (Gambar 4). Karena data Biodiverskripsi berasal dari literatur dan dimiliki oleh pembuat literatur, tambahan dokumen yang memuat informasi tentang literatur asal data merupakan tambahan yang diperlukan dalam Biodiverskripsi. Kontributor dapat mengunduh template sampling-event data a la Biodiverskripsi dalam tautan ini.

5

Gambar 4. Struktur Darwin Core Archive untuk sampling-event data.

Mari Berkontribusi! Apakah Skripsimu Sesuai? Suatu penelitian dapat dikatakan bertopik keanekaragaman hayati jika bertujuan mengetahui keanekaragaman suatu kelompok taksa di suatu area dalam waktu tertentu. Umumnya penelitian semacam ini memuat kata “keanekaragaman” atau “inventaris” dalam judulnya, namun tak terbatas kata-kata ini.

Beberapa jenis penelitian yang memuat informasi tentang keberadaan spesies tertentu di lokasi dan waktu tertentu dapat juga berupa penelitian seputar indikator kualitas tanah atau air, distribusi populasi suatu spesies, karakteristik habitat (umumnya jadi keanekaragaman tumbuhan), pengaruh suatu kelompok taksa terhadap kelompok taksa lain, dan sebagainya.

Untuk mendapatkan judul-judul ini, kami menyediakan tabel bantuan, yakni Daftar Skripsi. Daftar Skripsi digunakan relawan Biodiverskripsi dalam tahap inisiasi untuk mendapatkan data utuh tentang judul skripsi/tesis/disertasi per waktu dan penilaian kualitas laporan tersebut berdasarkan pertanyaan yang tersedia yang diajukan terhadap skripsi yang akan dikontribusikan. Pertanyaan ini antara lain:

1. Apakah mengandung informasi tentang protokol/metode yang jelas sehingga protokol/metode tersebut dapat diulangi kembali untuk mendapatkan hasil yang sama? (reproducibility)

2. Apakah informasi mengenai nama ilmiah spesies jelas? (scientific name clarity) 3. Apakah identifikasi yang dilakukan untuk memperoleh nama spesies melibatkan

taksonom? (validity)

6

4. Apakah spesies yang ditemukan merupakan hasil pengamatan langsung di habitat alaminya? (Bukan hasil tinjauan pustaka atau pengamatan di penangkaran) (natural occurrence)

Jika jawaban untuk keempat pertanyaan tersebut adalah “Ya”, maka data skripsi/tesis/disertasi Anda memenuhi syarat untuk dipublikasikan dalam Biodiverskripsi dalam bentuk sampling event data. Sila mengunduh template kami di sini dan melakukan transkripsi dengan mengikuti petunjuk yang kami berikut.

Protokol Transkripsi Data Agar data keanekaragaman hayati dari naskah skripsi/tesis/disertasi yang ingin dikontribusikan dapat ditampilkan secara integratif dengan data lain oleh sistem Biodiverskripsi, data tersebut perlu ditrankripsi ke dalam bentuk pangkalan data terstandar. Biodiverskripsi menggunakan kerangka Darwin Core sebagai standar sebagaimana yang dapat diperoleh dalam template kami.

Penjelasan Lembar Buku Kerja pada Template • Template data Biodiverskripsi merupakan dokumen MS Excel yang memiliki 4 lembar

buku kerja, terdiri dari 3 lembar utama dan 1 lembar tambahan. • Lembar utama berarti data-data yang berstatus required pada lembar tersebut wajib untuk

diisi. Lembar tambahan berarti hanya diperuntukan untuk memuat informasi tambahan sehingga tidak wajib untuk diisi. Namun, perlu kami ingatkan bahwa semakin banyak informasi tentang suatu data semakin tinggi tingkat ketergunaan data tersebut.

• Lembar-lembar pada file Biodiverskripsi Template adalah: o README

Lembar ini berisi petunjuk dasar dari GBIF tentang cara mengisi template sampling event data secara umum.

o Kejadian Pencuplikan (Sampling Events) Lembar kerja tempat menyimpan data-data umum yang terkait kegiatan pencuplikan data penelitian yang dimuat di dalam skripsi. Ini merupakan lembar utama. Misal: metode pencuplikan data (samplingProtocol), tempat pencuplikan data (locality), dsb.

o Perjumpaan (Occurrences) Lembar kerja tempat meyimpan data-data yang terkait langsung dengan data rekam atau perjumpaan spesies yang dimuat di dalam skripsi. Ini merupakan lembar utama. Misal: nama spesies yang ditemukan (scientificName), jumlah individu yang ditemukan (individualCount).

o Pustaka (Literature) Lembar kerja utama tempat menyimpan data-data yang terkait dengan informasi dokumen skripsi. Misal: judul skripsi, nama penulis skripsi, dsb.

o Ukuran (Measurement) Lembar kerja tambahan untuk menyimpan informasi tentang data-data hasil pengukuran. Anda bisa memasukkan informasi tentang hasil morfometri atau hasil pengukuran cuaca apabila ada, dan data ini harus dapat dihubungkan ke satu baris

7

rekaman data perjumpaan spesies. Tak masalah jika data hasil pengukuran dalam bentuk rentang atau rerata selama ia dapat diasosiasikan dengan satu baris data dari Occurrence. Misal: jenis pengukuran yang dilakukan (measurementType), satuan hasil ukur (measurementUnit) untuk seekor mamalia. Data hasil pengukuran juga harus berasal dari pengukuran yang dilakukan oleh skripsi/tesis/disertasi tersebut, bukan hasil penulis menyadur dari literatur.

Gambar 5. Struktur lembar kerja dalam template Biodiverskripsi

Status Kolom Atribut Data (Data Fields) • Untuk memenuhi standar kualitas data yang masuk ke dalam portal GBIF, GBIF

membentuk standar minimal set data yang dapat dipublikasi. Standar ini mencakup atribut apa saja yang harus ditampilkan dari suatu set data. Misal: harus ada nama ilmiah, lokasi, dan waktu dari suatu perjumpaan.

• Biodiverskripsi mengumpulkan set data yang dikategorikan sebagai sampling-event data. Kategori data ini memberikan informasi mengenai kejadian perjumpaan spesies dalam waktu dan lokasi tertentu dalam kejadian pencuplikan tertentu (sampling event). Dataset ini juga memuat informasi mengenai metode pencuplikan data serta informasi terkait spesies yang dijumpai pada kejadian pencuplikan tersebut.

• Secara prinsip, penerbit data dapat menambahkan kolom apapun ke dalam set data selama terminologi atribut data terdefinisi di dalam Darwin Core. Semakin banyak informasi yang dapat ditangkap melalui format dataset ini, semakin tinggi nilai ketergunaan dataset tersebut. Namun, GBIF memiliki standar tentang kolom tertentu yang wajib ada di dalam set data yang akan dipublikasikan via GBIF.

• Secara umum, status suatu atribut data atau data fields ada tiga macam:

8

o Required Data field yang berstatus required wajib diisi untuk memenuhi standar dataset yang dapat diterbitkan lewat GBIF. GBIF tidak akan menerima dataset yang tidak memuat informasi apa-apa di dalam data fields berstatus required.

o Strongly recommended Untuk meningkatkan nilai guna dataset yang akan diterbitkan, GBIF memberikan rekomendasi data fields yang sebaiknya ditambahkan ke dalam dataset. Data fields yang memiliki status ini bersifat tidak wajib namun sangat direkomendasikan untuk diisi agar informasinya lebih mudah untuk digunakan.

o Share if available Data fields dengan status “share if available” merupakan data fields yang bisa ditambahkan untuk meningkatkan nilai guna informasi.

• Pada Biodiverskripsi, beberapa data fields yang tadinya berstatus recommended dinaikkan menjadi berstatus required. Hal ini dilakukan untuk menjamin interkoneksi informasi antar lembar kerja pada file serta untuk menjamin bahwa data-data tertentu ditangkap oleh para relawan.

Memahami dan membuat ID • Data fields dengan kata “ID” pada namanya merupakan kode identifikasi untuk setiap

informasi catatan (records) yang masuk. Setiap catatan yang ditulis harus dapat dibedakan antar satu dengan lainnya. Disitulah ID berperan. Oleh sebab itu, ID harus bersifat unik, tidak ada records yang memiliki ID yang sama. Selain itu, ID berperan untuk menghubungkan beberapa dokumen dalam Darwin Core Archive sampling event (lihat Gambar 8).

Gambar 6. Relasi antarlembar kerja dalam sampling event data menggunakan ID. Fields tidak ditulis lengkap untuk semua kategori lembar kerja.

9

• ID dibentuk dengan format yang dapat ditentukan sendiri oleh penerbit dataset. Karena skripsi/tesis/disertasi yang ingin Anda kontribusikan bukan termasuk ke dalam inisiasi Biodiverskripsi, Anda tidak perlu mengikuti cara Biodiverskripsi membuat ID. Namun, untuk gambaran, kami memaparkan bagaimana ID yang digunakan dalam Biodiverskripsi dapat terbentuk.

Petunjuk membuat ID dari Biodiverskripsi • Agar lebih mudah dipahami, pada penentuan ID ini digunakan contoh skripsi dengan

deskripsi sebagai berikut: Prasetyo, B. 2006. Struktur komunitas dan profil vegetasi dalam sistem pekarangan di Desa Jabon Mekar, Kecamatan Parung, Bogor. Institut Pertanian Bogor: Bogor. Ditranskripsi oleh Primadieta, skripsi yang pertama ditranskripsi oleh Dieta.

• Biodiverskripsi memiliki 5 jenis ID. Berikut adalah jenis (data field), definisi, format penulisan, dan contoh berdasarkan kasus yang telah diberikan:

parentEventID Tab lembar Sampling-Events, Literatures, Measurement Status Required Definisi Pengidentifikasi suatu kelompok kejadian pencuplikan (event).

Dalam Biodiverskripsi, satu skripsi diidentifikasi sebagai satu parentEventID.

Format [ownerInstitutionCode] – [year of publication date][abjad pertama dari nama pertama dan abjad pertama dari nama terakhir] – [volunteerID][no urut skripsi yang ditranskripsi oleh volunteer tersebut]

Contoh IPB-2006BY-PD001

locationID Tab lembar Sampling-events Status Required Definisi Pengidentifikasi suatu lokasi Format Berupa nama singkat yang diformulasikan berdasarkan nama

metode pencuplikan data. Apabila peneliti telah menentukan nama-nama lokasi pencuplikan, nama-nama tersebut dapat digunakan sebagai locationID.

Contoh Apabila pencuplikan dilakukan dengan metode transek, locationID dapat dibentuk berdasarkan nama atau nomor transek: TR001, TR002.

10

Apabila pencuplikan dilakukan dengan metode plot bertingkat, locationID dapat dibentuk berdasarkan ukuran plot. Plot berukuran 400m2 → PL400 Plot berukuran 600m2 → PL600

eventID Tab lembar Sampling events, Occurrences, Measurement Status Required Definisi Pengidentifikasi satu set informasi yang terkait dengan satu event.

Event dapat didefinisikan sebagai satu skripsi satu event atau satu skripsi banyak event. Dalam penelitian yang memiliki sub-plot/transek, satu sub-plot/transek dapat didefinisikan sebagai satu event.

Format [ParentEventID] – [LocationID] Contoh IPB-2006BY-PD001-TR001

occurrenceID Tab lembar Occurrences, Measurement Status Required (untuk Occurrences), Recommended (untuk

Measurement) Definisi Pengidentifikasi untuk satu kejadian perjumpaan (occurrence).

Kejadian perjumpaan dalam satu event tidak harus selalu merupakan kejadian perjumpaan dari spesies yang berbeda. Pada penelitian tentang distribusi spesies, informasi beberapa kejadian perjumpaan dapat berasal dari spesies yang sama.

Format [ParentEventID] – [LocationID] – [TaxaCode][no urut occurrence] Contoh IPB-2006BY-PD001-TR001-EM001

measurementID Tab lembar Measurement Status Recommended Definisi Pengidentifikasi untuk data mengenai hasil pengukuran Format [ParentEventID] – [LocationID]- MEA[no urut pengukuran] Contoh IPB-2006BY-PD001-TR001-MEA001

• Salah satu komponen penting pada pengidentifikasi Event (EventID) dalam Biodiverskripsi adalah kode grup taksa. Berikut pohon pembuat keputusan yang digunakan Biodiverskripsi untuk menentukan kode grup taksa data yang akan ditranskripsi:

11

➢ Bagaimana jika ada organisme uniseluler, semisal Dinoflagellata dalam sampel plankton? Jika organisme tersebut merupakan hasil dari satu kejadian pencuplikan bersama dengan kelompok taksa yang lain, ia dimasukkan bersama dengan kode taksa kelompok organisme tersebut. Jadi, dalam sampel air tawar maka kodenya sama-sama FN, atau dalam biota laut maka kodenya sama-sama MA, dan seterusnya.

➢ Bagaimana bila satu skripsi memuat beberapa kelompok taksa?

Kondisi ini akan ditemukan dalam penelitian-penelitian yang meneliti pengaruh suatu faktor abiotik terhadap dua kelompok taksa atau lebih, semisal pengaruh cemaran logam berat terhadap keanekaragaman invertebrata sungai atau pengaruh suatu kelompok taksa terhadap kelompok taksa tertentu, semisal pengaruh komposisi vegetasi terhadap keanekaragaman burung di hutan kota. Untuk kasus ini, selain yang sudah terkelompokkan ke dalam biota laut, kode grup taksa disesuaikan dengan kelompok taksa yang sebenarnya. Jadi, sangat memungkinkan dalam 1 ParentEventID, terdapat EventID yang memiliki kode taksa berbeda. Pembedaan kelompok taksa ini penting untuk analisis lanjutan yang akan dilakukan.

12

Jenis-jenis data fields Berikut adalah keterangan dan contoh dari setiap fields yang digunakan dalam Biodiverskripsi telah disusun urut abjad. Anda dapat menambahkan sendiri fields yang diperlukan sesuai jenis proyek/studi Anda dengan mengikuti daftar terminologi yang disediakan Darwin Core.

basisOfRecord Tab lembar Occurrences Status Required Definisi Sifat atau karakteristik dari data penelitian Jenis HumanObservation Pengamatan langsung di lapangan

PreservedSpecimen Data-data spesimen atau herbarium FossilSpecimen Data-data spesimen fosil. LivingSpecimen Data-data spesimen hidup. MachineObservation Pengamatan yang dilakukan dengan bantuan alat,

seperti pengamatan camera-trap.

countryCode Tab lembar Sampling-Events, Occurrences Status Recommended Definisi Kode dua huruf negara tempat penelitian dilakukan. Contoh Kode untuk Indonesia adalah ID

county Tab lembar Sampling-Events Status Recommended Definisi Nama wilayah administratif yang lebih kecil dari stateProvince tempat

penelitian dilakukan. Dalam hal ini setara dengan kabupaten atau kota. Contoh Kabupaten Bogor; Kota Bogor; Kota Jakarta Selatan

Creator Tab lembar Literatures Status Required by Biodiverskripsi Definisi Nama penulis-penulis dokumen. Nama ditulis secara lengkap. Dalam hal

ini nama mahasiswa penulis skripsi. Contoh Budi Prasetyo

date Tab lembar Literatures Status Required by Biodiverskripsi

13

Definisi Tanggal terbit dokumen. Dalam hal ini merupakan tahun publikasi skripsi. Tanggal dapat ditulis dalam format YYYY atau YYYY-MM-DD.

Contoh 2006

DecimalLatitude & decimalLongitude Tab lembar Sampling-Events, Occurrences Status Recommended Definisi Koordinat tempat penelitian dilakukan. Koordinat ditulis format decimal-

degree. Apabila informasi tersedia dalam format degree-minute-seconds, data dapat dikonversi menggunakan Canadensys Coordinate Convertion (http://data.canadensys.net/tools/coordinates). Rentang geografis Indonesia secara umum adalah latitude dari -10.990 sampai 5.910 dan longitude dari 96.010 sampai 141.030.

Contoh -41.0983423, -121.1761111

degree Tab lembar Literatures Status Recommended Definisi Jenjang pendidikan tinggi (strata) Jenis Undergraduate Sarjana S1

Master Sarjana S2 (Pascasarjana) Doctoral Sarjana S3 (Doktoral)

eventDate Tab lembar Sampling-Events, Occurrences Status Required Definisi Tanggal atau interval waktu pengambilan data. Untuk informasi dalam

tab occurrences, merupakan waktu perjumpaan. Informasi ini ditulis dalam format YYYY-MM-DD.

Contoh 25 Maret 2013 2013-03-25 Maret 2013 2013-03 2013 2013 25 Maret 2013 sampai 28 Maret 2013

2013-03-25/28

25 Maret 2013 sampai 23 April 2013

2013-03-25/2018-04-23

footprintSRS

14

Tab lembar Sampling-Events Status Recommended Definisi Representasi Sistem Referensi Spasial (SRS) dari Well-Known-Text

(WKT) pada footprintWKT. Field ini hanya digunakan apabila menggunakan footprintWKT. Apabila informasi berupa decimalLatitude & decimalLongitude, deskripsi SRS dimasukkan ke dalam geodeticDatum.

Contoh WKT untuk WS84 SRS standar (EPSG:4326) adalah "GEOGCS["GCS_WGS_1984",DATUM["D_WGS_1984", SPHEROID["WGS_1984",6378137,298.257223563]], PRIMEM["Greenwich",0], UNIT["Degree",0.0174532925199433]]" tanpa tanda kutip petik.

footprintWKT Tab lembar Sampling-Events Status Recommended Definisi Well-Known-WKT yang mereprentasikan bentuk (footprint, geometri)

yang mendefinisikan lokasi penelitian. Sebuah lokasi dapat memiliki titik radius (lihat decimalLatitude) dan representasi footprint sekaligus, dan mereka dapat berbeda satu dengan lainnya.

Contoh one-degree bounding box dengan ujung bersebrangan pada (longitude=10, latitude=20) dan (longitude=11, latitude=21) dapat ditulis dalam well-known text sebagai POLYGON ((10 20, 11 20, 11 21, 10 21, 10 20)).

geodaticDatum Tab lembar Sampling-Events, Occurrences Status Recommended Definisi Sistem referensi spasial yang digunakan pada koordinat di

decimalLatitude & decimalLongitude. Direkomendasikan menggunakan kode EPSG sebagai kosakata terkontrol. Dapat juga menggunakan nama atau kode dari geodetic datum atau nama atau kode dari ellipsoid. Selain itu, dapat juga ditulis “unknown”. Pengambilan data spasial di Indonesia biasanya menggunakan WGS84.

Contoh EPSG:4326; WGS84; NAD27; Campo Inchauspe

identifier Tab lembar Literatures Status Recommended

15

Definisi Informasi yang digunakan sebagai pengidentifikasi dokumen. Informasi dapat berupa DOI, ISBN, URI. Informasi juga dapat berupa nomor katalog dokumen atau tautan dokumen pada repositori universitas.

Contoh doi:10.1038/ng0609-637; http://www.nature.com/ng/journal/v41/n6/pdf/ng0609-637.pdf

identificationReferences Tab lembar Occurrences Status Recommended Definisi Daftar literatur yang digunakan sebagai dasar identifikasi yang

menghasilkan nama spesies sebagaimana tertera di scientificName. Jika lebih dari satu maka dapat digunakan pemisah (‘|’)

Contoh A field guide to the reptile of South-east Asia. Das. 2010 | A naturalist's guide of South-east Asia including Myanmar, Thailand, Malaysia, Singapore, Sumatra, Borneo, Java and, Bali. Das. 2010 | Nature guide snake and other reptile and amphibians. Mattison. 2014 | The reptiles of Indo-Australia archipelago. de Roij. 1970; The Freshwater Prawns of the genus Macrobrachium Bate, 1868, of Thailand (Crustacea: Decapoda: Palaemonidae). Cai et al. 2004.

individualCount Tab lembar Occurrences Status Recommended Definisi Jumlah individu yang teramati pada kejadian perjumpaan tersebut

(occurrence) Contoh 1; 25

islandGroup Tab lembar Sampling-Events Status Recommended Definisi nama pulau atau sekelompok pulau tempat penelitian dilakukan.

Direkomendasikan untuk menggunakan kosakata terkontrol, misal dari the Getty Thesaurus of Geographic Names (http://www.getty.edu/research/tools/vocabularies/tgn/index.html)

Contoh Java; Sumatra; Celebes

kingdom Tab lembar Occurrences Status Recommended

16

Definisi Kingdom dari species yang teridentifikasi pada occurrence tersebut. Contoh Animalia, Plantae

language Tab lembar Literatures Status Recommended Definisi Bahasa yang digunakan pada dokumen. Ditulis dalam format ISO 639-1. Contoh Kode untuk Bahasa Indonesia adalah id.

locality Tab lembar Sampling-Events Status Recommended Definisi Nama wilayah terkecil dari lokasi penelitian. Dapat berupa nama desa,

kelurahan, atau informasi deskriptif lainnya. Apabila informasi terkecil berupa kecamatan atau kabupaten, informasi tersebut dapat ditulis di dalam field ini juga.

Contoh Desa Jabon Mekar

measurementDeterminedDate Tab lembar Measurement Status Recommended Definisi Tanggal pada saat pengukuran dilakukan. Direkomendasikan untuk

menuliskannya dalam format ISO 8601:2004 (E). Contoh 25 Maret 2013 2013-03-25

Maret 2013 2013-03 2013 2013 25 Maret 2013 sampai 28 Maret 2013

2013-03-25/28

25 Maret 2013 sampai 23 April 2013 2013-03-25/2018-04-23 8 Maret 1963 pada pukul 14:07 di zona waktu UTC- 6 jam.

1963-03-08T14:07-0600

20 Feb 2009 pada pukul 8:40 di zona UTC.

2009-02-20T08:40Z

1 Maret 2007 pukul 13:00 WIT sampai dengan 11 Mei 2008 Pukul 15:30 WIT.

2007-03-01T13:00:00+0800/2008-05-11T15:30:00+0800

measurementRemarks

17

Tab lembar Measurement Status Recommended Definisi Catatan tambahan yang terkait pengukuran yang dilakukan. Contoh sunny; cloudy

measurementType Tab lembar Measurement Status Recommended Definisi Jenis pengukuran yang dilakukan. Contoh Tail length (panjang ekor); temperature (suhu); trap type (jenis

perangkap).

measurementUnit Tab lembar Measurement Status Recommended Definisi Unit dari hasil pengukuran. Direkomendasikan untuk menggunakan

satuan Standar Internasional (SI). Contoh mm; C; ha; km

measurementValue Tab lembar Measurement Status Recommended Definisi Nilai dari hasil pengukuran. Contoh 45; 14.5; UV-light

municipality Tab lembar Sampling-Events Status Recommended Definisi Nama wilayah administratif yang lebih kecil dari county (kabuputen atau

kota) tempat penelitian dilakukan. Dalam hal ini setara dengan kecamatan.

Contoh Parung

occurrenceStatus Tab lembar Occurrences Status Recommended Definisi Pernyataan tentang kemunculan atau ketidakmunculan suatu taksa di

lokasi penelitian. Direkomendasikan menggunakan kosakata terkontrol.

18

Contoh Ada (present); tidak ada (absent)

organismQuantity & organismQuantityType Tab lembar Occurrences Status Recommended Definisi OrganismQuantity adalah jumlah atau nilai kuantitas dari organisme

yang diamati. OrganismQuantityType adalah sistem kuantifikasi yang digunakan untuk menggambarkan kuantitas organisme tersebut. Dua fields ini harus saling berkorespondensi.

Contoh Apabila kuantitas pohon pada satu kejadian pengamatan/perjumpaan (occurrence) digambarkan dengan proporsi biomassa, dapat ditulis: OrganismQuantity → 27.5 OrganismQuantityType → %biomass Apabila kuantitas sekelompok hewan pada satu kejadian perjumpaan digambarkan dengan jumlah individu teramati, dapat ditulis: OrganismQuantity → 56 OrganismQuantityType → individuals Pada kasus ini, data pada organismQuantity dengan data pada individualCount memiliki nilai yang sama.

ownerInstitutionCode Tab lembar Literatures Status Required by Biodiverskripsi Definisi Nama atau akronim institusi pemilik data yang dirujuk pada rekaman

(records). Dalam hal ini adalah nama universitas penerbit skripsi. Jenis IPB Insititut Pertanian Bogor

UI Universitas Indonesia USU Universitas Sumatera Utara UGM Universitas Gadjah Mada UNIPA Universitas Negeri Papua

remarks Tab lembar Sampling-Events, Occurrences, Literatures Status Share if available Definisi Catatan tambahan yang terkait dengan data rekaman

sampleSizeUnit & samplesSizeValue

19

Tab lembar Sampling-Events Status Required Definisi sampleSizeUnit adalah unit ukuran pencuplikan pada satu event.

sampleSizeValue adalah nilai numerik ukuran pencuplikan pada satu event. Dua fields ini harus saling berkorespondensi.

Contoh Apabila besarnya pencuplikan diukur berdasarkan lamanya durasi, dapat ditulis: sampleSizeValue → 4,000 sampleSizeUnit → hours atau sampleSizeValue → 36 sampleSizeUnit → days Apabila besarnya pencuplikan diukur berdasarkan luas area, dapat ditulis: sampleSizeValue → 1,000 sampleSizeUnit → ha atau sampleSizeValue → 250 sampleSizeUnit → square metre Umumnya sampleSizeValue dan sampleSizeUnit dapat diketahui langsung dari metode pencuplikan standar. Jika penulis tidak menyertakan maka relawan diharapkan mencari literatur dasar dari metode tersebut dan melihat acuan sampleSizeValue dan sampleSizeUnit.

samplingEffort Tab lembar Sampling-Events Status Recommended Definisi besarnya usaha yang dilakukan dalam satu kali kejadian pencuplikan

(event). Contoh 40 light-trap; 10 observer-hours; average of 30 minutes walk along

transect

samplingProtocol Tab lembar Sampling-Events Status Required Definisi Nama atau deskripsi singkat dari metode atau protokol pencuplikan yang

digunakan pada kejadian pencuplikan (event). Contoh UV light trap; belt transect; nested plot

20

scientificName Tab lembar Occurrences Status Required Definisi Nama ilmiah lengkap spesies. Direkomendasikan untuk menulis dengan

format “[Genus]_[Specific Epithet]” Contoh Pongo pygmaeus Catatan Benar-tidaknya nama ilmiah spesies dapat dilihat dalam GBIF Taxonomy

Backbone (https://www.gbif.org/species/1?root=true). Cukup masukkan nama spesies dalam kolom pencarian dan lihat apakah nama spesies benar; taksonomi spesies juga dapat dilihat dari sini. Jika spesies termasuk cukup baru sehingga tidak ada dalam data GBIF, maka dapat termasuk pengecualian dengan menyertakan literatur yang mendasari nama spesies dalam fields tambahan namePublishedIn.

stateProvince Tab lembar Sampling-Events Status Recommended Definisi Provinsi tempat penelitian dilakukan. Apabila saat ini telah terjadi

perubahan nama provinsi pada lokasi, tulis nama terbaru pada lembar data dan berikan catatan pada kolom remarks.

Contoh South Sumatera, West Papua, Central Java

supervisor Tab lembar Literatures Status Recommended Definisi Nama penulis-penulis dokumen. Nama ditulis secara lengkap. Dalam hal

ini nama dosen pembimbing. Nama ditulis tanpa gelar. Contoh Dedi Setiadi | Eko Baroto Walujo

taxonRank Tab lembar Occurrences Status Recommended Definisi Urutan dalam taksonomi untuk informasi paling spesifik yang

dicantumkan pada scientificName. Direkomendasikan untuk menggunakan kosakata terkontrol yang disusun oleh GBIF (http://rs.gbif.org/vocabulary/gbif/rank.xml)

Contoh species, family, order

21

title Tab lembar Literatures Status Required by Biodiverskripsi Definisi Judul skripsi atau tesis atau disertasi. Judul ditulis secara lengkap dan

tidak disingkat dalam bahasa asli yang digunakan. Contoh Struktur komunitas dan profil vegetasi dalam sistem pekarangan di Desa

Jabon Mekar, Kecamatan Parung, Bogor.

vernacularName Tab lembar Occurrences Status Recommended Definisi Nama lokal species Contoh Orang utan Kalimantan

Kasus di luar panduan Jika dalam pengisian terminologi masih terdapat kebingungan karena bentuk penelitian cukup khusus, melihat contoh data yang sudah ada di GBIF dapat membantu. Set-set data tersebut juga dapat diunduh untuk lebih lanjut memahami bagaimana mereka menggunakan fields yang khusus sampling event data, termasuk memberi bayangan tentang hasil akhir dari Biodiverskripsi. GBIF juga akan dengan senang hati menjawab pertanyaan kita di helpdesk[at]gbif.org.

Untuk informasi terkait sampling event, daftar istilah lain beserta keterangannya dapat dilihat di http://rs.gbif.org/core/dwc_event_2016_06_21.xml

Beberapa field tambahan yang mungkin berguna adalah dataGeneralization yang dapat digunakan untuk menjelaskan asumsi yang digunakan dalam transkripsi atau informationWithheld untuk data sensitif semisal lokasi spesies yang dilindungi.

Untuk informasi terkait occurrences, daftar istilah lain beserta keterangannya dapat dilihat di http://rs.gbif.org/core/dwc_occurrence_2015-07-02.xml

Beberapa field tambahan yang mungkin berguna adalah associatedTaxa untuk menerangkan nama ilmiah inang dalam penelitian seputar parasit, atau associatedOccurrence jika ada hubungan antara occurrence satu dengan yang lain, biasanya seputar hubungan keturunan.

Kontak Tim Biodiverskripsi Setelah melakukan standarisasi data, hasil standarisasi dapat dikirimkan ke admin biodiverskripsi di biodiverskripsi[at]tamboramuda.org untuk divalidasi. Perlu kami ingatkan kembali bahwa data yang dikirimkan ke Biodiverskripsi akan dipublikasikan ke GBIF juga oleh Tambora Muda Indonesia.